Ubuntu 系统更新后，跑Gromacs一直报段错误

雨中宇 · 发表于 Post on 2024-7-9 10:44:41

各位老师好，最近跑Gromacs一直报错，报错原因主要有两种一种是段错误，一种是非法指令。在多次模拟崩溃后，不断修改参数仍然失败，跑之间跑通的模拟，也报错，突然想到是不是因为系统更新后不兼容导致的，如果是这样的话该怎么处理呢，找到原先的ubuntu 内核，重装gromacs吗

雨中宇 · 发表于 Post on 2024-7-10 14:57:19

sobereva 发表于 2024-7-10 14:42
我不用Ubuntu帮不了
有什么报错就google什么报错，早晚能解决。实在搞不定就重装系统

好的老师，我在研究研究，重装系统要安装的软件太多了，有点难受

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-10 14:42:30

雨中宇发表于 2024-7-9 21:52
老师我在重新编译过程中出现很大的编译错误，当使用sudo make -j命令，尝试了很多次，各种各样的报错，每 ...

我不用Ubuntu帮不了
有什么报错就google什么报错，早晚能解决。实在搞不定就重装系统

雨中宇 · 发表于 Post on 2024-7-9 21:52:41

sobereva 发表于 2024-7-9 14:25
重装呗。本来编译也花不了多少时间，等别人回复的功夫都重装完了。虽然未必能解决，但这是最先值得尝试的。

老师我在重新编译过程中出现很大的编译错误，当使用sudo make -j命令，尝试了很多次，各种各样的报错，每次都不一样，请问老师具体该怎么改，我的g++版本是9.3.0，cuda是12.4。python是3.8.10。g长春版本也是9.3.0，gromacs版本是2022

雨中宇 · 发表于 Post on 2024-7-9 19:57:23

sobereva 发表于 2024-7-9 14:25
重装呗。本来编译也花不了多少时间，等别人回复的功夫都重装完了。虽然未必能解决，但这是最先值得尝试的。

我重装了三次了，现在拿之前跑通的跑几千万步后出现非法指令报错，检查fftw、cuda等，发现nvcc-V命令没有显示，nvidia-smi能看到我的cuda，我现在正在重装cuda-tookit试试

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-9 14:25:07

重装呗。本来编译也花不了多少时间，等别人回复的功夫都重装完了。虽然未必能解决，但这是最先值得尝试的。

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-7-9 13:54:56

报错信息贴一下,这样才有参考.
在Gromacs论坛还没看到系统更新导致报错的帖子.

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[GROMACS] Ubuntu 系统更新后，跑Gromacs一直报段错误