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[GROMACS] 如何理解恒力牵引中设置的k

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实验组内的DFT计算、第一性原理、MD模拟爱好者

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楼主
我想对周期性石墨烯施加压强,通过P*A(要施加的压强*盒子横截面积)可以得到待施加的外力F,单位为N。在gmx中,可以用恒力牵引石墨烯的方法等价于对石墨烯施加压强。恒力牵引(pull_coord1_type = constant-force)时的k是作为恒力进行计算的,单位为 kj/mol/nm=10^(12) N/mol。但这和所要施加的外力F(N)相差了mol。请教下大家:
1.如果是孤立的分子,摩尔数是盒子中牵引组中该分子的数目/阿伏伽德罗常数。通过待施加的外力F/摩尔数,就等于恒力牵引中的k。但是周期性的石墨烯如何计算mol数呢(我理解的是k相当于牵引组单位摩尔数下所施加的力)
2.如何理解恒力牵引中的k与牵引组中每个原子的受力的关系呢,假设我设定了k值,该拉伸组中的每个原子受力是均相等和均为k;还是这些原子的受力总和为k呢
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

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发表于 Post on 2024-9-2 21:31:06 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问最后是怎么处理的呢

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