计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2844|回复 Reply: 20
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] CP2K计算“吸附能”过大的问题咨询

[复制链接 Copy URL]

39

帖子

0

威望

407

eV
积分
446

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
#
  尊敬的各位老师好,我遇到了利用CP2K计算“对氯苯酚在金红石(110)晶面吸附”,但得到的吸附能过大的问题。我仔细查阅了相关资料,也尽可能保证了三个文件中理论方法、基组、k点以及截断能均一致,但是计算得到的吸附能过大,明显错误,如下图。请各位老师可以帮我检查下输入文件是否符合计算吸附能所对应的条件? 在输入文件中哪里出现了错误,需要如何改正?麻烦各位老师了。

图片1.png (278.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 61)

图片1.png

4CP.inp

4.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 33

对氯苯酚计算文件

Ropt110.inp

15.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 16

金红石110晶面文件

R_4cp.inp

16.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 23

吸附结构

65

帖子

0

威望

263

eV
积分
328

Level 3 能力者

20#
发表于 Post on 2025-5-28 09:15:47 | 只看该作者 Only view this author
你好,你解决这个问题了吗?
怎么解决的还记得吗?

41

帖子

0

威望

390

eV
积分
431

Level 3 能力者

19#
发表于 Post on 2025-5-15 17:09:52 | 只看该作者 Only view this author
HanC 发表于 2024-8-3 11:17
好的 感谢老师

同学,你更改设置之后,吸附能求解正常了吗?

41

帖子

0

威望

390

eV
积分
431

Level 3 能力者

18#
发表于 Post on 2025-5-15 17:04:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Assiduitas 于 2025-5-15 17:08 编辑
xjw 发表于 2025-5-14 20:22
好的,谢谢老师

同学,你更改设置之后,吸附能求解正常了吗?MO这种如果用不了TZV2P-MOLOPT-GTH的,就用带SR。

PS:好像回复错楼层了,我应该回复楼主的。

175

帖子

0

威望

957

eV
积分
1132

Level 4 (黑子)

17#
发表于 Post on 2025-5-14 20:22:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-14 20:04
用其它基组文件里的
横向能量求差用的smearing做法统一就行。OT和对角化不需要非得一致

好的,谢谢老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

16#
发表于 Post on 2025-5-14 20:04:26 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2025-5-14 07:29
老师,请问下我在计算MoS2吸附单分子的时候,使用PBE+D3+TZV2P-MOLOPT-GTH,但是提示“The requested bas ...

用其它基组文件里的
横向能量求差用的smearing做法统一就行。OT和对角化不需要非得一致
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

66

帖子

1

威望

1225

eV
积分
1311

Level 4 (黑子)

15#
发表于 Post on 2025-5-14 08:35:48 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2025-5-14 07:29
老师,请问下我在计算MoS2吸附单分子的时候,使用PBE+D3+TZV2P-MOLOPT-GTH,但是提示“The requested bas ...

替换为支持Mo元素的基组,在CP2K的data文件夹中,搜索grep "Mo" *BASIS*,可以看到对Mo有描述的所有基组。

175

帖子

0

威望

957

eV
积分
1132

Level 4 (黑子)

14#
发表于 Post on 2025-5-14 07:29:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xjw 于 2025-5-14 07:32 编辑
sobereva 发表于 2024-7-25 21:45
不考虑counterpoise校正时起码用TZV2P-MOLOPT-GTH。用TZV2P-MOLOPT-GTH再考虑counterpoise校正还有改进余地 ...

老师,请问下我在计算MoS2吸附单分子的时候,使用PBE+D3+TZV2P-MOLOPT-GTH,但是提示“The requested basis set <TZVP-MOLOPT-GTH-q14> for element <Mo> was not found in the basis set files <BASIS_MOLOPT>”,请问这个应该怎么解决啊。
还有一个问题,在计算吸附能是,我没有使用OT,而是使用Diagonalization+ smearing,请问这两个方式计算的结果差别大吗

39

帖子

0

威望

407

eV
积分
446

Level 3 能力者

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-3 11:17:28 | 只看该作者 Only view this author
reid 发表于 2024-8-2 16:58
都用PBE+D3+DZVP-MOLOPT-SR-GTH做结构优化,然后单点能都用PBE+D3+TZV2P-MOLOPT-GTH

好的 感谢老师

117

帖子

0

威望

1223

eV
积分
1340

Level 4 (黑子)

12#
发表于 Post on 2024-8-2 16:58:19 | 只看该作者 Only view this author
HanC 发表于 2024-7-31 20:33
感谢感谢老师回答,请问关于结构优化我有一些这样的问题:单纯的晶面和吸附有分子的晶面,我为了计算更快 ...

都用PBE+D3+DZVP-MOLOPT-SR-GTH做结构优化,然后单点能都用PBE+D3+TZV2P-MOLOPT-GTH

39

帖子

0

威望

407

eV
积分
446

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-31 20:33:21 | 只看该作者 Only view this author
reid 发表于 2024-7-27 22:11
结构优化可以用DZVP-MOLOPT-SR-GTH,算吸附能时必须再算一遍单点能,单点能用社长说的TZV2P-MOLOPT-GTH

感谢感谢老师回答,请问关于结构优化我有一些这样的问题:单纯的晶面和吸附有分子的晶面,我为了计算更快一些,是否可以都用DZVP-MOLOPT-SR-GTH来计算,这样是否就能得到相对可靠的结构,后面我再选择更大的基组并加上D3矫正来计算吸附能,这样是否能起到降低计算时间的目的呢;还是说仅能单纯的晶面可以这样,吸附分子后的晶面就不能这样做了呢?

117

帖子

0

威望

1223

eV
积分
1340

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2024-7-27 22:11:23 | 只看该作者 Only view this author
结构优化可以用DZVP-MOLOPT-SR-GTH,算吸附能时必须再算一遍单点能,单点能用社长说的TZV2P-MOLOPT-GTH

39

帖子

0

威望

407

eV
积分
446

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-26 18:35:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-26 04:00
对于色散作用不可忽略的情况下,PBE不加D3算物理吸附是开玩笑,PBE描述色散作用那么烂。
该说的都说了
...

感谢sob老师回复

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2024-7-26 04:00:02 | 只看该作者 Only view this author
HanC 发表于 2024-7-25 22:45
sob老师您好,在重新编写文件的过程中,考虑到您提到的问题,我是利用Multiwfn辅助编写的CP2K的输入文件 ...

对于色散作用不可忽略的情况下,PBE不加D3算物理吸附是开玩笑,PBE描述色散作用那么烂。
该说的都说了
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

39

帖子

0

威望

407

eV
积分
446

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-25 23:09:06 | 只看该作者 Only view this author
Eudaimonia 发表于 2024-7-25 23:02
大这么多,大概率是哪里设置不同导致的,仔细检查所有输入文件会和输出文件再看一下

比较容易出问题的: ...

感谢老师解惑,我再仔细检查下您提到的问题

208

帖子

3

威望

1996

eV
积分
2264

Level 5 (御坂)

6#
发表于 Post on 2024-7-25 23:02:48 | 只看该作者 Only view this author
大这么多,大概率是哪里设置不同导致的,仔细检查所有输入文件会和输出文件再看一下

比较容易出问题的:自旋和UKS是否合理设置,计算二维结构晶胞大小是否一致

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 09:36 , Processed in 0.217896 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list