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[GROMACS] 自创用于自动化绘制RDF与配位数曲线的程序

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本帖最后由 lucky1999 于 2024-8-1 01:40 编辑

各位老师好,由于所涉及的课题需要较为频繁的绘制RDF与配位数曲线,因此我使用python写了drawRDF小程序,可以较为简便地绘制可以直接插入论文中的RDF或配位数曲线的图像。开发drawRDF小程序的过程中受sob老师写的Multiwfn的影响,使用者输入每一个选项前的数字即可完成相应的操作。此外,drawRDF小程序的开发过程中也受scienceplots(https://github.com/garrettj403/SciencePlots)的影响,用户可传入符合个人绘图习惯的mplstyle文件,drawRDF将根据该mplstyle文件自动对相关绘图细节进行调整。
为方便大家的使用,我已采用pyinstaller对drawRDF的源代码进行打包,在win下大家直接双击.exe文件即可启动drawRDF小程序。启动该小程序后,大家逐个拉进gmx产生的RDF或配位数曲线的xvg文件,最后输入q即可完成文件载入。输入q后可看到以下的内容。
  1. The number of Radial distribution curve: 2
  2. The number of Cumulative Number RDF curve: 1
  3. 0  Whether to turn on the legend: False
  4. 1  The dpi of output picture: 300
  5. 2  The color of curve in output picture: #0C5DA5, #00B945, #FF9500
  6. 3  The path of style sheets: ./style/no-latex.mplstyle, ./style/my.mplstyle
  7. 4  The label of curves: CL \ CL \ name OW
  8. 5  The position of label: best
  9. 6  The range of x-axis: (0,1)
  10. d  Start to draw picture
  11. s  Save the picture
  12. q  Exit program
复制代码
大家按每一个菜单前的数字或字母即可对相关的选项进行设置。默认情况下,每一条曲线的图例从传入的xvg文件中提取,大家按4即可对其进行相关设置。大家可多次修改绘图细节,多次按d展示实时的绘图图片。待绘制的图片满足大家的要求后按s即可进行保存。
大家可以在https://github.com/luck19990920/drawRDF中进行下载,README中有详细的使用方法与演示视频。源代码也在该仓库中,需要注意的若用python直接运行drawRDF源代码,需要用>=python3.10才能运行,因为程序中使用到了match case语句。对于该程序有啥问题大家也可以跟我反馈谢谢大家。

draw-5.png (110.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

example1

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draw-7.png (113.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

example2

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draw-8.png (112.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

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发表于 Post on 2024-8-29 14:27:22 | 只看该作者 Only view this author
lucky1999 发表于 2024-8-29 13:57
没有呀,我这边是可以打开的!

我这边突然能打开了,上午打不开,可能是学校的网不稳定,谢谢贴主

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-29 13:57:39 | 只看该作者 Only view this author
Starrymoon 发表于 2024-8-29 11:11
您好,我打不开下载网站了,请问您是删除了吗?

没有呀,我这边是可以打开的!

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发表于 Post on 2024-8-29 11:11:07 | 只看该作者 Only view this author
您好,我打不开下载网站了,请问您是删除了吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-2 09:29:42 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2024-8-1 16:10
请问支持 .xyz 格式的轨迹文件吗?

需要通过gmx生成RDF与配位数曲线的xvg文件,程序通过xvg文件绘制。

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发表于 Post on 2024-8-2 01:05:30 | 只看该作者 Only view this author
感谢

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发表于 Post on 2024-8-1 16:10:50 | 只看该作者 Only view this author
请问支持 .xyz 格式的轨迹文件吗?

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