求助:使用了trjconv后，配体小分子分子还是在盒子外

lzy233

我正在做配体+蛋白复合物的分子动力学模拟，结束后我按照以下方式处理
gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_noPBC.xtc -center -pbc mol -ur compact -n index.ndx
选择1（protein）作为居中，0（system）作为输出，得到了md_noPBC.xtc
然后再用gmx trjconv -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -o md_center.xtc -n index.ndx -pbc cluster -center 处理
选择20（protein_unl）来cluster，0（system）居中，0（system）作为输出

可是最后计算出来的RMSD还是突变，我用pymol看了，发现处理后，分子跑出盒子外了，这是怎么回事呢？
是我没有消除整体运动吗？

Seyilaxa

第二步应该把蛋白或者复合物居中