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[GROMACS] 有哪些绘制好看的自由能形貌图的工具?

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上面的图片是文献中的插图,感觉非常的好看,但是文献里没有提及是用什么方式绘制的,想问一下有没有大佬知道这是用什么样的工具制作的?

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发表于 Post on 2024-12-9 10:22:24 | 只看该作者 Only view this author
12313 发表于 2024-8-20 20:10
老师,numpy和matplotlib我电脑里都有,但是没有装anaconda,我进行的命令就是python plot_xpm.py gibbs. ...

我的情况和你一样,请问您这个问题解决了嘛

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发表于 Post on 2024-12-2 10:25:35 | 只看该作者 Only view this author
丁越 发表于 2024-8-19 09:00
gnuplot就挺好用,可以用plot with image绘制二维FES,或者set pm3d 绘制地形图。下面是两个脚本你可以参考 ...

牛的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-21 10:02:20 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2024-8-20 12:14
如果有数据, Origin 是最容易上手的绘图工具。

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-21 10:02:08 | 只看该作者 Only view this author
lyj714 发表于 2024-8-19 13:37
自己用python画一个就完事了。
现成的也可以用DuIvyTools绘图对应的xpm。

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-21 10:01:47 | 只看该作者 Only view this author
Huschein 发表于 2024-8-21 01:16
三维的话就origin 如果只是密度散点,那么py即可

谢谢老师

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发表于 Post on 2024-8-21 01:16:57 | 只看该作者 Only view this author
三维的话就origin 如果只是密度散点,那么py即可

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-20 20:10:33 | 只看该作者 Only view this author
丁越 发表于 2024-8-20 15:41
是。

是你使用有问题,把numpy, matplotlib装上(如果你装了anaconda的话这些正常都有),运行python  ...

老师,numpy和matplotlib我电脑里都有,但是没有装anaconda,我进行的命令就是python plot_xpm.py gibbs.xpm,但是总是出错,如下图

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-20 19:54:09 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2024-8-20 12:14
如果有数据, Origin 是最容易上手的绘图工具。

好的谢谢老师

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发表于 Post on 2024-8-20 15:41:56 | 只看该作者 Only view this author
12313 发表于 2024-8-20 10:56
请问是转化成含有xyz三列数据的文本文件吗?这个链接里面的脚本我之前下载过,但总是运行出错

是。

是你使用有问题,把numpy, matplotlib装上(如果你装了anaconda的话这些正常都有),运行python plot_xpm.py xxx.xmp就可以了。
自由发挥,野蛮生长

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发表于 Post on 2024-8-20 12:14:35 | 只看该作者 Only view this author
如果有数据, Origin 是最容易上手的绘图工具。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-20 10:56:55 | 只看该作者 Only view this author
丁越 发表于 2024-8-20 08:58
不能,就通常的多列数据文件。你可以参考(http://bbs.keinsci.com/thread-20056-1-1.html)把xpm的数据 ...

请问是转化成含有xyz三列数据的文本文件吗?这个链接里面的脚本我之前下载过,但总是运行出错

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发表于 Post on 2024-8-20 08:58:11 | 只看该作者 Only view this author
12313 发表于 2024-8-19 15:33
谢谢您,请问使用时,输入文件可以是xpm格式吗

不能,就通常的多列数据文件。你可以参考(http://bbs.keinsci.com/thread-20056-1-1.html)把xpm的数据格式转化一下。
自由发挥,野蛮生长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-19 15:33:38 | 只看该作者 Only view this author
lyj714 发表于 2024-8-19 13:37
自己用python画一个就完事了。
现成的也可以用DuIvyTools绘图对应的xpm。

谢谢谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-19 15:33:19 | 只看该作者 Only view this author
丁越 发表于 2024-8-19 09:00
gnuplot就挺好用,可以用plot with image绘制二维FES,或者set pm3d 绘制地形图。下面是两个脚本你可以参考 ...

谢谢您,请问使用时,输入文件可以是xpm格式吗

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