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[综合交流] 求助:有关库伦(静电)作用强度的表征

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楼主
老师们好,我用Gromacs软件模拟了主客体的小分子纯有机体系,奇怪的是在运用其能量分解分析表征库伦作用时,原本纯主体体系中比较强的库伦吸引作用在主客体掺杂体系中居然变成了排斥作用,请教有没有适合表征这个过程中库伦作用转换的方法?

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发表于 Post on 2024-8-19 11:00:26 | 只看该作者 Only view this author
藤井树 发表于 2024-8-19 08:25
sob老师好,我MD模拟了三个体系分别是纯客体,纯主体,主客体掺杂体系,进行gmx energy提取体系内的库伦 ...

直接给出结构图,上传mdp文件,说清楚具体数值
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-19 08:25:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-18 22:21
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620(http:// ...

sob老师好,我MD模拟了三个体系分别是纯客体,纯主体,主客体掺杂体系,进行gmx energy提取体系内的库伦作用,发现有较大差别。
1. 纯客体体系内存在较大的短程库伦排斥作用
2. 纯主体体系内存在较大的短程库伦吸引作用
3. 主客体掺杂体系中模拟初期主客体间存在弱短程库伦吸引作用,后突变为短程库伦排斥作用
想探究一下其中的原因。

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发表于 Post on 2024-8-18 22:21:59 | 只看该作者 Only view this author
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

交代清楚细节
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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