Ubantu 18.04安装gromacs2021最后一步报错，全过程展示

znjnancy

各位大佬，我在ubantu上安装gmx，在最后一步编译make install 时报错。下面，我把全部的过程进行展示，请佬们指点迷津。
一、安装cmake 3.29
本机上已经有cmake 3.10，但是版本太低了，需要升级为高版本的。
（1）删除原有版本cmake3.10
sudo apt remove cmake
（2）下载高版本cmake并安装
wget https://github.com/kitware/CMake ... cmake-3.29.2.tar.gz
解压 tar -xzf cmake-3.29.2.tar.gz
进入解压后目录并执行安装
cd cmake-3.29.2
sudo ./bootstrap --prefix=/home/test/cmake3 -- -DCMAKE_USE_OPENSSL=OFF  (虽然已经是在root账户下操作了，但一定要加上sudo才能编译成功，否则报错，其中，ubantu自带的gcc和g++ version 7.5）
sudo make -j (不明白为啥在root账户下，还得用sudo）
sudo make install
在/.bashrc中加入 export PATH=$PATH:/home/test/cmake3/bin
检查版本cmake -version 显示安装成功

二、安装fftw库
下载好fftw-3.3.8.tar.gz
（1）解压并安装
tar -xzf fftw-3.3.8.tar.gz
cd fftw-3.3.8
sudo ./configure --prefix=/home/test/实际路径/fftw338 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared --enable-avx2
sudo make -j install

本机的cpu情况，不知道为什么加上--enable-avx2之后make install -j就报错了。只能加 sudo 才能成功编译。
应该是按照成功了：


三、安装gromacs
下载gmx2021的安装包，需要生成环肽的拓扑。
（1）解压并安装
tar -xzf gromacs-2021.tar.gz
cd gromacs-2021
mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/实际路径/fftw338
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/test/zhengnianjue/sob/gmx2021
这一步就报错了：


于是，我重新对fftw库进行了编译：
tar -xzf fftw-3.3.8.tar.gz
cd fftw-3.3.8
./configure --prefix=/home/test/实际路径/fftw338 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared
去掉了--enable-avx2

sudo make -j install


应该是编译成功了

下一步再次进行安装gmx2021
tar -xzf gromacs-2021.tar.gz
cd gromacs-2021
mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/实际路径/fftw338
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/test/zhengnianjue/sob/gmx2021

一切正常
make install 报错


改成 sudo make install 也是报错

znjnancy

15939474177 发表于 2024-10-20 12:15
大佬，想问下就是原本是2018版本的，若是安装2019版本，需要把原来2018版本的卸载吗？还是说直接安装2019 ...

不用卸载2018的， 只需要在bashrc环境中改成新的gmx版本的路径就行了

15939474177

znjnancy 发表于 2024-9-4 20:10
安装成功了，喜极而泣

重新安装gmx

大佬，想问下就是原本是2018版本的，若是安装2019版本，需要把原来2018版本的卸载吗？还是说直接安装2019的版本呢

znjnancy

安装成功了，喜极而泣

重新安装gmx
解压后进入目录
cd gromacs-2021
mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/实际路径/fftw338
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/实际路径/gmx2021 -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++
make install -j
在bashrc中添加：source /实际路径/gmx2021/bin/GMXRC

去gromacs上官网上参考了安装的教程后解决的https://manual.gromacs.org/docum ... index.html#compiler

t675210552

可能是你gcc g++版本与此版本gromacs不相匹配