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[CP2K] 求助CP2K如何以wb97x泛函计算孤立体系的几何优化

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各位老师学生想用wb97x泛函计算几何优化任务,输入文件如附件所示,请老师帮学生瞅瞅有什么问题,谢谢各位老师,非常感谢!

1.inp

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-13 09:01:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-13 01:56
北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里我专门教了怎么 ...

收到,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-13 09:01:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-13 01:54
说话别老带着“哇”字,不是什么好的口癖

收到,谢谢老师,我注意

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-13 09:01:01 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-9-12 23:29
(1)跟“周期性动力学”没有关系。只要有记录坐标,能量和力的文本文件,任何势函数程序都可以做你想做 ...

收到,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-13 09:00:49 | 只看该作者 Only view this author
Whitedwarf 发表于 2024-9-13 00:03
MLIP里水很深的,尤其是搞分子体系,如果不是想训练反应力场就还好,发表的文章研究的过程不会很复杂

收到,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-9-13 01:56:07 | 只看该作者 Only view this author
北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里我专门教了怎么在CP2K里用wB97X
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2024-9-13 01:54:32 | 只看该作者 Only view this author
说话别老带着“哇”字,不是什么好的口癖
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2024-9-13 00:03:49 | 只看该作者 Only view this author
MLIP里水很深的,尤其是搞分子体系,如果不是想训练反应力场就还好,发表的文章研究的过程不会很复杂

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发表于 Post on 2024-9-12 23:29:49 | 只看该作者 Only view this author
liurui 发表于 2024-9-12 21:32
老师,gaussian可以做周期性动力学吗;orca做的优化和动力学deepkit-md好像不支持哇,用啥推荐的软件来做 ...

(1)跟“周期性动力学”没有关系。只要有记录坐标,能量和力的文本文件,任何势函数程序都可以做你想做的事,包括deepmd-kit,如果你不会,应该去问师兄师姐或deepmd-kit开发者。
(2)是deepmd-kit,不是deepkit-md。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-12 21:56:15 | 只看该作者 Only view this author
让你变成回忆 发表于 2024-9-12 21:44
不管你模拟的体系是不是周期性,机器学习力场本质上是构建坐标-->{Energy, force}的关系,而deepmd采用的 ...

老师,我只用过cp2k,vasp,gaussian和deepmd-kit的机器学习哇,不用周期性可以呀,包含单点训练的命令,还是不太懂,谢谢老师,非常感谢!

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发表于 Post on 2024-9-12 21:44:11 | 只看该作者 Only view this author
liurui 发表于 2024-9-12 21:32
老师,gaussian可以做周期性动力学吗;orca做的优化和动力学deepkit-md好像不支持哇,用啥推荐的软件来做 ...

不管你模拟的体系是不是周期性,机器学习力场本质上是构建坐标-->{Energy, force}的关系,而deepmd采用的是局域描述符,和是不是有周期性无关,只要能够在这个局域环境内采样充分,用任何第一性原理软件或者量化软件都行。 所以你需要了解的是deepmd如果不设置PBC是否可以训练,以及怎么训练。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-12 21:32:57 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-9-12 21:24
那你用量子化学软件(如Gaussian/ORCA等)计算出的能量和力也可以做机器学习啊而且还可以方便快捷地计算 ...

老师,gaussian可以做周期性动力学吗;orca做的优化和动力学deepkit-md好像不支持哇,用啥推荐的软件来做机器学习吗?谢谢老师,非常感谢!

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发表于 Post on 2024-9-12 21:24:51 | 只看该作者 Only view this author
那你用量子化学软件(如Gaussian/ORCA等)计算出的能量和力也可以做机器学习啊而且还可以方便快捷地计算很多CP2K很难算甚至没法算的泛函。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-12 21:20:51 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-9-12 21:15
为什么要这么想不开CP2K大盒子算孤立体系比Gaussian/ORCA慢很多,效率非常低(指的是同一泛函和质量接近 ...

老师,想做机器学习哇,wb97x优化和固定原子的优化和wb97x做动力学的结果做机器学习哇

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发表于 Post on 2024-9-12 21:15:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-9-12 21:25 编辑

为什么要这么想不开CP2K大盒子算孤立体系比Gaussian/ORCA慢很多,效率非常低(指的是同一泛函和质量接近的基组下),而且没法检验波函数稳定性,你这还要用wb97x,非常浪费时间、浪费机时。应该使用各自擅长的程序做计算。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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