多肽的动力学模拟RMSD变化过大

人生若只如初见

我用charmm36M力场 用NAMD对一个多肽进行了MD，做了10ns的平衡模拟，200ns的产出模拟，但是动力学轨迹很混乱，键长被拉得很长，我更换力场 分别用amber99sb  amber14SB charmm36 力场试验，结果还是键长被拉的很长 ，RMSD变化 相差不大 ，请教各位这种情况该如何解决。下图是charmm36m力场的RMSD 结果图

人生若只如初见

student0618 发表于 2024-9-29 09:48
cpptraj可直接读psf和dcd

好的好的 谢谢老师

人生若只如初见

不是的老师 加了水的 在水环境下的 这里是把水给去了

xinlanyh

RMSD看着算是在正常波动范围。另外你的盒子是真空的吗？

student0618

人生若只如初见 发表于 2024-9-29 08:24
老师，请问NMAMD的轨迹用AMBER分析。具体该怎么操作呢，还有就是amber分析需要的top文件是什么来呢

cpptraj可直接读psf和dcd

人生若只如初见

student0618 发表于 2024-9-18 12:41
VMD试试以下指令？

我习惯用Amber, 以前都把NAMD轨迹直接丢CPPTRAJ作autoimage处理和分析的，算是个另类 ...

老师，请问NMAMD的轨迹用AMBER分析。具体该怎么操作呢，还有就是amber分析需要的top文件是什么来呢

人生若只如初见

student0618 发表于 2024-9-19 11:09
新的RMSD 是否用vmd的RMSD Trjectory Tool align完以后在同一介面按RMSD，然后用介面左上角选单plot 出来 ...

对的  是这样做的老师 结果跟上边一样  这样就行 只要是力场没加错就好 谢谢老师

student0618

人生若只如初见 发表于 2024-9-19 09:33
这个可以了老师   键长没有拉长的情况了 轨迹看着正常了 但是RMSD做出来是跟上边的图是一样的 所以这样就 ...

新的RMSD 是否用vmd的RMSD Trjectory Tool align完以后在同一介面按RMSD，然后用介面左上角选单plot 出来的？

是的话如楼上所说多肽本来的柔性较大。不然就可能因爲是用了没align好的多肽算RMSD，没align好RMSD会大也是当然的。

c00jsw00

peptide 本來就是很軟的物質..RMSD過大也是可以理解的^^

人生若只如初见

student0618 发表于 2024-9-18 22:53
有没有用vmd的 extensions - analysis - rmsd trajectory tool align过？

这个可以了老师   键长没有拉长的情况了 轨迹看着正常了 但是RMSD做出来是跟上边的图是一样的 所以这样就算正常了是不是

student0618

有没有用vmd的 extensions - analysis - rmsd trajectory tool align过？

人生若只如初见

Loading0760 发表于 2024-9-18 16:03
这真的不是PBC的问题吗?
你在VMD的Periodic (菜单栏依次点击Garphics-Representations可以看到这个选项)里 ...

老师  也会拉长

Loading0760

这真的不是PBC的问题吗?
你在VMD的Periodic (菜单栏依次点击Garphics-Representations可以看到这个选项)里把+X,-X那些全勾选上,然后显示样式改成DynamicBonds,看看这样会不会拉长.

人生若只如初见

student0618 发表于 2024-9-18 12:41
VMD试试以下指令？

我习惯用Amber, 以前都把NAMD轨迹直接丢CPPTRAJ作autoimage处理和分析的，算是个另类 ...

我试过了 可是还是键长被拉得很长 ，我在想是不是还是力场的问题 可是我amber charmm力场 都试了   不知道咋办了

student0618

VMD试试以下指令？

1. pbc wrap -center com -centersel "protein" -compound residue -all

复制代码

我习惯用Amber, 以前都把NAMD轨迹直接丢CPPTRAJ作autoimage处理和分析的，算是个另类的解决方法。