求助：对3X3X3的CeO2超胞CP2K结构优化后模型变形

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各位老师好！我在使用CP2K对3X3X3的CeO2超胞进行结构优化后，掺杂Gd，然后再进行结构优化，结构优化后模型发生了较大的变化，请问这个问题该如何解决？
输入文件如下，如若参数设置不对之处还望指出!因为刚开始用multiwfn得到的文件总是计算不收敛，在更改了很多参数设置才收敛，可能是过于宽松的参数导致如此，或者是不合适的搭配，设置导致如此，还望大家给出意见！十分感谢

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sobereva 发表于 2024-9-20 22:21
原先晶胞参数是什么，计算时候就用什么，绝对不能用可视化程序根据当前原子坐标自动判断的盒子当晶胞参数 ...

好的，我明白了，谢谢Sob老师!

sobereva

1372133091 发表于 2024-9-20 21:36
十分感谢Sob老师的回复，在这个计算中，我有一个关于Cell盒子大小设置的问题想向Sob老师请教一下：
在优 ...

原先晶胞参数是什么，计算时候就用什么，绝对不能用可视化程序根据当前原子坐标自动判断的盒子当晶胞参数
周期性体系记录结构应当用记录了晶胞参数的文件

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sobereva 发表于 2024-9-20 18:41
看起来只是显示问题而已

十分感谢Sob老师的回复，在这个计算中，我有一个关于Cell盒子大小设置的问题想向Sob老师请教一下：
在优化之前，我得到的边界值为a=b=c=16.23埃。（“边界值”的叙述不准确，也许是晶格常数？这个叙述如有错误还望老师指出）
而优化之后，我将.xyz文件导入VESTA，发现并没有显示盒子边界，在保存.cif后，其边界值自动适应为a=b=c=20.3埃。
此时有一些疑惑：
一、20.3埃的界限导致计算进行周期性模拟（此处叙述不准确，不过大概是这个意思）时，会出现问题吗？因为相当于超胞周围有一些地方是有3埃左右的“真空层”了；
二、我尝试用这个进行后续计算时，我应该保持20.3埃不去管，还是全部约束回16.23埃进行计算？这一个点是我比较关注的。比如用优化后的进行DOS计算，那我OT单点能计算然后进行对角化，是直接使用20.3埃的边界参数还是16.23埃?
最后感谢Sob老师百忙之中的回复！
不过我也先尝试一下两个都计算一下，毕竟光想不做可是不行的！

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qczcb2 发表于 2024-9-20 16:26
是不是弄错文件？原子不守恒啊，第一排的第三个原子直接变成其他原子了。边界上的倒是问题不大，可能只是显 ...

输入文件就是提交.restart计算的，已经上传了结构优化前后的.cif文件，十分感谢您帮忙看一下！

sobereva

看起来只是显示问题而已

qczcb2

是不是弄错文件？原子不守恒啊，第一排的第三个原子直接变成其他原子了。边界上的倒是问题不大，可能只是显示问题。建议再贴一下输入文件。