gif转POSCAR出现如下问题怎么办？

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-20 19:54:55

本帖最后由 abu123 于 2024-9-23 09:12 编辑

我用gif转POSCAR，转换之后出现的poscar的文本文件好像是合适的，但是我用vesta打开后的文件如下，似乎有点问题，请问这是啥原因？应该怎么解决呢？

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-24 19:58:39

乐平发表于 2024-9-24 17:44
直角坐标系里，每个原子的 X, Y, Z 值代表该原子在空间里的位置分量。

你在 GaussView 里建模，那么需 ...

好的好的，我明白了，谢谢老师

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-24 17:44:59

本帖最后由乐平于 2024-9-24 17:46 编辑

abu123 发表于 2024-9-24 15:23
好的，老师。我是用Gaussview建的模型，然后扩胞之后都合适了，但是这个图形在最底部，有没有什么办法能 ...

直角坐标系里，每个原子的 X, Y, Z 值代表该原子在空间里的位置分量。

你在 GaussView 里建模，那么需要让坐标系显示出来。在模型窗口里点鼠标右键，在弹出的对话框里选择 View——> Cartesian Axes

然后就能在你的盒子边缘看的 X, Y, Z 的标记

然后，你需要根据 X, Y, Z 的方向来确定要移动的方向，以及要移动的数值多少。

比如要向 Z 轴的正方向移动 3.0 A，那么用文本工具（例如 NotePad3，或者文本文档）打开 .gjf 文件，在 Z 列里将所有数值都加 3。
如果要向 Y 轴的负方向移动 4.2 A，那么用文本工具（例如 NotePad3，或者文本文档）打开 .gjf 文件，在 Y 列里将所有数值都减 4.2。

【注意】不要对最后的三行 Tv 对应的数据进行加或减，最后三行 Tv 对应的是晶胞参数（盒子大小）。

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-24 15:23:33

乐平发表于 2024-9-24 15:13
你最开始用什么工具建的模型，就在哪里设置。

好的，老师。我是用Gaussview建的模型，然后扩胞之后都合适了，但是这个图形在最底部，有没有什么办法能把他放在中间位置呢，这样有点丑

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-24 15:13:23

abu123 发表于 2024-9-24 11:28
那这个晶胞的大小设置是要在Gaussview里设置吗？

你最开始用什么工具建的模型，就在哪里设置。

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-24 11:28:59

乐平发表于 2024-9-24 11:18
那就说明你的晶胞（盒子）设置太小了，刚刚“箍” 住了你要研究的团簇。

所以你需要更大的晶胞，至少 ...

那这个晶胞的大小设置是要在Gaussview里设置吗？

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-24 11:18:50

abu123 发表于 2024-9-24 11:13
对于您说的晶胞这一块我明白了，但是因为我研究的是团簇，不是晶体，所以这两者之间我还是有点联系不起来 ...

那就说明你的晶胞（盒子）设置太小了，刚刚“箍” 住了你要研究的团簇。

所以你需要更大的晶胞，至少 15 x 15 x 15，甚至至少 20 x 20 x 20。
这样还能避免由于周期性边界条件带来的下一周期“镜像原子”对你的团簇带来的作用力的影响。

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-24 11:13:21

本帖最后由 abu123 于 2024-9-24 11:18 编辑

乐平发表于 2024-9-24 11:01
你真的明白了吗？

对于您说的晶胞这一块我明白了，但是因为我研究的是团簇，不是晶体，所以这两者之间我还是有点联系不起来，我不确定这样优化后得到的结构是不是合理的。和之前我们老师算的有点不一样。之前我们老师算的POSCAR和CONTCAR是这样的，现在我想更换原子的位置去算，结果好像有点不一样，整体的结构变了。

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-24 11:01:20

本帖最后由乐平于 2024-9-24 11:19 编辑

abu123 发表于 2024-9-24 10:52
好的好的，谢谢老师。

你真的明白了吗？

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-24 10:52:37

乐平发表于 2024-9-24 10:47
看 CONTCAR 里的数字，是 12 个 C

不要被图形显示界面 “显示” 的效果迷惑了眼睛……

好的好的，谢谢老师。

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-24 10:47:13

abu123 发表于 2024-9-24 09:52
消息有点延迟，我看到了老师，感谢您的耐心回复。我还有一个疑问，就是我的CONTCAR打开后是这样的，这个 ...

看 CONTCAR 里的数字，是 12 个 C

不要被图形显示界面 “显示” 的效果迷惑了眼睛……

回忆一下自己学过的课程《材料科学基础》或《结构化学》或《晶体结构》或中学的化学课本

晶胞里的原子个数是真实的个数吗？
位于顶点上的原子实际占比多少？（只占 1/8 对不对？）
位于棱上的原子实际占比多少？（只占 1/4 对不对？）
位于相邻的面上的原子实际占比多少？（只占 1/2 对不对？）

这就是周期性边界条件的效果。

不要只看到显示的一个晶胞，要时时刻刻意识到晶胞是在空间里上下左右前后无限延伸的。

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-24 09:57:33

乐平发表于 2024-9-24 09:40
你仔细看我的回复……

消息有点延迟，我看到了老师，感谢您的耐心回复。我还有一个疑问，就是我的CONTCAR打开后是这样的，这个图中的C原子好像不是12个吧？那这样的话这个结构是不是也有问题？

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-24 09:52:43

乐平发表于 2024-9-24 09:40
你仔细看我的回复……

消息有点延迟，我看到了老师，感谢您的耐心回复。我还有一个疑问，就是我的CONTCAR打开后是这样的，这个图中的C原子好像不是12个吧？那这样的话这个结构是不是也有问题？

abu123 · 发表于 Post on 2024-9-24 09:42:29

乐平发表于 2024-9-24 09:21
你看看，CONTCAR 里一样是 12 个 C 原子。优化不可能把原子数改变。

哦哦，好的好的，感谢您的耐心解答，我还有一个疑问是CONTCAR用VESTA打开后的图是这样的，这好像不是12个C吧？虽然上面显示的是12个C

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-24 09:40:51

abu123 发表于 2024-9-24 09:32
那为啥转.xyz形式有24个C呢？contcar的图中好像也是24个

你仔细看我的回复……

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