求助g_MMPBSA计算ΔG结果报错

艾尔斯灿 · 发表于 Post on 2024-9-21 20:41:10

在基于gmx的分子动力学模拟MD结果出来后,想计算Estimated Inhibition Constant (µM),
我查到这个值的计算公式为Ki = e^{-ΔG/ (RT)},目前只有ΔG[Gibbs Free Energy]还没有算出
我查到可以用g_MMPBSA进行计算,查到的计算命令如下:
gmx_MMPBSA -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci ABCDEF.top -cp DEF.top -cl ABC.top -cg 1 -rg 2 -lg 3 -x md.xtc -n index.ndx

但是结果gmx_MMPBSA.log出现了报错,如图:

以下是我准备的所有文件[由于,xtc文件高达179MB,无法上传],
请明白的大佬指引我一下.

Downloads.rar (1.4 MB, 下载次数 Times of downloads: 4)

艾尔斯灿 · 发表于 Post on 2024-9-22 20:31:02

有没有大佬来教教我啊

艾尔斯灿 · 发表于 Post on 2024-9-22 13:23:38

Loading0760 发表于 2024-9-22 00:15
ABCDEF.top的文件中重复出现了两次ABC的拓扑，一次是在文件中写了，一次三在后面include引用。尝试删掉一个 ...

我删去了
#include "ABC.top"
可惜还是不行,提示并没有变,一样的报错

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-22 00:15:35

ABCDEF.top的文件中重复出现了两次ABC的拓扑，一次是在文件中写了，一次三在后面include引用。尝试删掉一个。

; Include molecules
#include "ABC.top"
#include "DEF.itp"

复制代码

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