求助：如何处理由Multiwfn生成的甲烷水合物晶胞pdb文件？

Mecho

各位老师好，我在做甲烷水合物的相关模拟，想请教一些问题，我用Multiwfn生成了甲烷水合物晶胞pdb文件，用VMD查看晶胞中各原子的坐标是合适的，但该pdb文件仍存在一些问题：
1. 所有原子的残基名称和编号全都是“A”和“1”，没有任何区分、排序，这是不合适的吧，该如何把修改呢？涉及到几千个原子，手动修改效率低且极易出错。
2. 水分子的顺序是O-H-H，但原子名称不是OW、HW1和HW2，涉及到后面要将体系中的水都转化为四点水模型和使用OPLS-AA力场进行动力学模拟的问题，不知是否需要将水分子中各原子的原子名进行修改，该如何修改呢？
3. 甲烷分子的顺序是C-H-H-H-H，但氢原子名称不是H1、H2、H3和H4，同样涉及到后续使用OPLS-AA力场进行分子动力学模拟的问题，不知是否需要修改？


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下面附上我得到的甲烷水合物晶胞pdb文件的部分内容：
REMARK   Generated by Multiwfn, Totally      1424 atoms
CRYST1   23.240   23.240   23.240  90.00  90.00  90.00
HETATM    1  O       A   1       2.124   2.146   2.187  1.00  0.00           O
HETATM    2  H       A   1       1.793   1.351   2.683  1.00  0.00           H
HETATM    3  H       A   1       2.641   1.805   1.411  1.00  0.00           H
HETATM    4  O       A   1       0.028   3.628   1.370  1.00  0.00           O
HETATM    5  H       A   1       0.068   3.753   0.389  1.00  0.00           H
HETATM    6  H       A   1       0.789   3.040   1.620  1.00  0.00           H
HETATM    7  O       A   1      11.569   5.832   2.930  1.00  0.00           O
HETATM    8  H       A   1      11.578   5.001   2.388  1.00  0.00           H
HETATM    9  H       A   1      12.402   5.842   3.474  1.00  0.00           H
HETATM   10  O       A   1       9.502   9.531   2.112  1.00  0.00           O
HETATM   11  H       A   1       8.900   8.968   2.675  1.00  0.00           H
HETATM   12  H       A   1      10.255   8.941   1.843  1.00  0.00           H
...
HETATM  139  C       A   1       5.742   0.193   2.874  1.00  0.00           C
HETATM  140  H       A   1       6.423   0.371   2.039  1.00  0.00           H
HETATM  141  H       A   1       5.294   1.138   3.189  1.00  0.00           H
HETATM  142  H       A   1       4.956  -0.502   2.572  1.00  0.00           H
HETATM  143  H       A   1       6.296  -0.236   3.712  1.00  0.00           H
HETATM  144  C       A   1       5.884   0.340   8.720  1.00  0.00           C
HETATM  145  H       A   1       6.927   0.163   8.447  1.00  0.00           H
HETATM  146  H       A   1       5.748   1.391   8.981  1.00  0.00           H
HETATM  147  H       A   1       5.233   0.091   7.879  1.00  0.00           H
HETATM  148  H       A   1       5.622  -0.287   9.575  1.00  0.00           H
...
HETATM 1420  C       A   1      23.260  23.261  23.275  1.00  0.00           C
HETATM 1421  H       A   1      24.337  23.293  23.108  1.00  0.00           H
HETATM 1422  H       A   1      23.056  23.245  24.346  1.00  0.00           H
HETATM 1423  H       A   1      22.799  24.143  22.829  1.00  0.00           H
HETATM 1424  H       A   1      22.850  22.361  22.816  1.00  0.00           H
END

牧生

Mecho 发表于 2024-9-23 10:44
非常感谢老师的回复，我是用文献中甲烷水合物晶胞cif文件作为Multiwfn的输入文件，通过Multiwfn进行截断 ...

不用改，只要原子名对的上，跑一下MD，就行了

sobereva

Mecho 发表于 2024-9-23 10:44
非常感谢老师的回复，我是用文献中甲烷水合物晶胞cif文件作为Multiwfn的输入文件，通过Multiwfn进行截断 ...

自己用awk命令或者写脚本/程序改

Mecho

sobereva 发表于 2024-9-23 05:20
你没说你用什么文件当做Multiwfn的输入文件。如果本来载入的就不是pdb文件，Multiwfn自然不可能获得残基、 ...

非常感谢老师的回复，我是用文献中甲烷水合物晶胞cif文件作为Multiwfn的输入文件，通过Multiwfn进行截断分子保留、自动成键、扩胞并导出pdb格式，您讲解之后我明白了问题出现的原因，想再请教一下，我现在得到的这个pdb文件中的残基信息该如何修改呢？

sobereva

你没说你用什么文件当做Multiwfn的输入文件。如果本来载入的就不是pdb文件，Multiwfn自然不可能获得残基、原子名信息，导出的pdb里自然也没这种信息

对于GROMACS模拟，只需要坐标文件和拓扑文件里的原子顺序对应，不看原子名