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[GROMACS] 如何获得蛋白质的电场力分布图

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gromacs可以得到蛋白质的电场力分布图吗,类似右图,或者说得到电荷的分布图,通过F=Eq说明

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发表于 Post on 2024-9-28 00:22:54 | 只看该作者 Only view this author
按我全面已经说的,VMD载入tpr文件,保存成pqr,直接就有原子电荷了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-27 09:28:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-26 23:08
说清楚怎么dump的
认真看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚

gmx dump -s md_0_1.tpr > dump.txt,这个 md_0_1.tpr是运行模拟之后得到的文件,dump.txt里面只有蛋白质电荷的信息 而没有水分子的

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发表于 Post on 2024-9-26 23:08:05 | 只看该作者 Only view this author
1154975925 发表于 2024-9-26 15:56
sob老师 我发现dump导出来的文件里面没有水分子那些的电荷量,这样的话我怎么把pdb改成chg文件

说清楚怎么dump的
认真看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-26 15:56:34 | 只看该作者 Only view this author

sob老师 我发现dump导出来的文件里面没有水分子那些的电荷量,这样的话我怎么把pdb改成chg文件

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发表于 Post on 2024-9-25 22:32:38 | 只看该作者 Only view this author
1154975925 发表于 2024-9-25 11:38
2020.6 CUDA GPU加速版,AVX2指令集(88 MB)2019.6 CUDA GPU加速版,AVX指令集(93 MB)sob老师我使用了 ...

用这个做法


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-25 11:38:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-23 22:42
这个图过于抽象,未必有什么意义
体现原子受力大小的话,由于力的大小正比于原子电荷,直接按原子电荷着色 ...

2020.6 CUDA GPU加速版,AVX2指令集(88 MB)2019.6 CUDA GPU加速版,AVX指令集(93 MB)sob老师我使用了这两个版本 gmxoutchg 都显示 Error in finding #molblock 是不是需要换成2018版本的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-24 09:04:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-23 22:42
这个图过于抽象,未必有什么意义
体现原子受力大小的话,由于力的大小正比于原子电荷,直接按原子电荷着色 ...

感谢

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发表于 Post on 2024-9-23 22:42:25 | 只看该作者 Only view this author
这个图过于抽象,未必有什么意义
体现原子受力大小的话,由于力的大小正比于原子电荷,直接按原子电荷着色就能体现
使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数
http://sobereva.com/425http://bbs.keinsci.com/thread-10163-1-1.html
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