gaussian如何计算吉布斯自由能变化？

lao7

     做两个分子的吸附作用，结构通过b3lyp/6-31g*优化好了，但没有找到自由能的变化？如何找出吸附前后吉布斯自由能的变化？还是进行能量专门计算？谢谢！

Kayla1488

zjxitcc 发表于 2022-10-13 12:19
仔细阅读《谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量》http://sobereva.com/488
看

好的 谢谢zjxitcc老师

zjxitcc

Kayla1488 发表于 2022-10-13 11:31
请问你这个问题解决了吗？我也不太明白，想要请教一下

仔细阅读《谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量》http://sobereva.com/488
看

Kayla1488

lao7 发表于 2014-12-26 13:41
谢谢，我觉得还是老老实实把b3lyp/6-31g优化好的结构，重新b3lyp/6-31g opt freq一遍吧。
再请教一下，理 ...

请问你这个问题解决了吗？我也不太明白，想要请教一下

lao7

虎王 发表于 2015-1-31 18:53
32核心同时用应该反而比16核并行慢点吧。我用的时候是这样。

没有感觉到慢，32核心还是比10几个核心快了些，前提内存够。AMD处理器，我用的

虎王

lao7 发表于 2014-12-19 21:55
32核心同时使用。

32核心同时用应该反而比16核并行慢点吧。我用的时候是这样。

lao7

谢谢，我觉得还是老老实实把b3lyp/6-31g优化好的结构，重新b3lyp/6-31g opt freq一遍吧。
再请教一下，理论上，收敛后结构的单点能指的是哪种能量，和吉布斯自由能有何区别呢？能不能互用呢？谢谢。

sobereva

半经验从原理上没法获得吉布斯自由能。因为半经验的单点计算给出的实际上是体系的生成焓而非电子能量。（虽说，横向对比大小的话倒也凑合）

而且纯粹用半经验来算，如果体系大小是在DFT能处理得动的范围内的话，估计审稿人也会吐槽精度太低。

至于距离太近，先看看是哪两个原子距离太近，图形上观察一下。一般DFT不会出现这种情况，除非是设定上有严重问题。

lao7

Sob，还请教一下，我能否直接用PM6 opt freq直接获取吉布斯能量呢？如果能量仅仅用来做参考值（和实验测试结果对比用），PM6 opt freq算出来的误差能否被接受？发表文章。谢谢！

lao7

还有1个问题：
    opt freq pm6弄好之后的，自由能能直接用吗（虽然精确度差点，但用来估计，和实验结果对比）？不用6-31G优化了。因为发觉用B3LYP/6-31G opt优化后的文件，GView作图之后，PM6 opt freq优化总是报错，说原子间距太近了（我估计精确度的问题），就报错。
谢谢！

lao7

好 谢谢SOB.

sobereva

lao7 发表于 2014-12-24 15:16
谢谢，也就是说，步骤如下：
1）我以前已经用B3LYP/6-31G* opt优化好的结构；再次计算单点能。
2）用PM6  ...

就是这样

lao7

谢谢，也就是说，步骤如下：
1）我以前已经用B3LYP/6-31G* opt优化好的结构；再次计算单点能。
2）用PM6 opt freq半经验方法，运行一下优化后的结构，获得矫正量。然后用此矫正量，加上DFT方法输出的单点能上，就是这样吧？
我没有基础，所以要以一点点问，谢谢哈！

sobereva

需要两个输入文件
1 B3LYP/6-31G* opt
2 PM6 opt freq
把2得到的热力学校正量加到1输出的能量上

lao7

那么高斯运行输入命令时，是运行freq，还是运行DFT单点能文件呢？