求助sobtop指认原子类型时，不识别atom name

lele123 · 发表于 Post on 2024-10-19 12:56:55

本帖最后由 lele123 于 2024-10-19 12:55 编辑

我用薛定谔软件准备含配体的蛋白质复合物5JJU，然后导出pdb文件，用文本编辑器分别导出蛋白质和配体各自的pdb文件，其中配体pdb文件在附件5jju_amp1.pdb。

然后用obabel转化为mol2文件（附件5jju_amp1.mol2)，用multiwfn脚本计算RESP2电荷（附件5jju_amp1.chg)。

在使用sobtop产生拓扑文件时报错：（Unrecognized atomic name ( 1).）

但是检查mol2文件，atom name又很正常。

求助这是什么原因？

值得一提的是，我用gview转化pdb为mol2文件后，正常结束，没有此类报错。gview产生的atom name如下：

lele123 · 发表于 Post on 2024-10-21 14:43:01

sobereva 发表于 2024-10-20 14:28
参考下文，避免出现多余字段导致读取时定位错误
谈谈记录化学体系结构的mol2文件
http://sobereva.com/ ...

好的老师，明白了。看完受益良多

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-20 14:28:09

lele123 发表于 2024-10-19 13:23
反复测试了，发现是obabel转化pdb为mol2时，产生的@UNITY_ATOM_ATTR有关，删掉后就没有报错。

但我依然 ...

参考下文，避免出现多余字段导致读取时定位错误
谈谈记录化学体系结构的mol2文件
http://sobereva.com/655（http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html）

lele123 · 发表于 Post on 2024-10-19 13:23:08

反复测试了，发现是obabel转化pdb为mol2时，产生的@<TRIPOS>UNITY_ATOM_ATTR有关，删掉后就没有报错。

但我依然很困惑，这是什么原因？

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