gromacs模拟长链脂肪酸和脂肪酶结果用pymol打开显示异常

一粟君 · 发表于 Post on 2024-10-23 15:27:25

本帖最后由一粟君于 2024-10-23 18:49 编辑

请问各位老师，我用gromacs跑长链脂肪酸和脂肪酶进行分子对接后的结果，用GROMACS进行了100ns的MD模拟。之后我用pymol打开结果文件（.gro），发现小分子配体的显示模式发生了改变，在分子对接后我需要找这个环周围的关键氨基酸残基，这个结构的变化会对后续分析有影响吗？先谢过各位老师了。ps 1：两个视图中的小分子显示格式都是sticks。ps 2：排查了一下，原因可能是分子对接后得到的长链脂肪酸自动去掉H了，不知道是不是这个原因？

一粟君 · 发表于 Post on 2024-10-24 10:28:53

student0618 发表于 2024-10-23 21:03
脂肪酸力场用了甚么？all atom力场的话要先加氢再建topology。很可能是没加氢所以拓朴用的atom type错了。

是的是的，已经改过来了

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-23 21:03:10

本帖最后由 student0618 于 2024-10-24 01:08 编辑

脂肪酸力场用了甚么？all atom力场的话要先加氢再建topology。很可能是没加氢所以拓朴用的atom type错了。

一粟君 · 发表于 Post on 2024-10-23 18:52:13

sobereva 发表于 2024-10-23 18:01
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

抱歉，新人第一次发求助，下次一定注意

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-23 18:01:52

一粟君发表于 2024-10-23 15:28
补充一下，两个视图中的小分子显示格式都是sticks

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-10-23 17:27:14

你是说你的长链脂肪化合物在跑了100 ns的分子动力学之后被拉直了? 这有点不太合理吧......

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[GROMACS] gromacs模拟长链脂肪酸和脂肪酶结果用pymol打开显示异常

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