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[新手求助] 化合物DGEBA进行opt后构造发生改变

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本帖最后由 Toing 于 2024-10-28 08:17 编辑

双酚A二缩水甘油醚(DGEBA)进行Optimization后,发现两个苯环(A,B)共同连接的一个碳原子变成两个苯环各连接一个不同的碳原子,请问为何会出现这种情况?该如何解决?
ps,opt前化合物结构已自动加氢并clean;执行的是70°C条件下的结构优化,25°C下的也出现上述情况;log文件3.77 M无法上传。


DGEBA MOL.png (186.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

DGEBA MOL.png

DGEBA OPT.png (148.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

优化后结构

优化后结构

DGEBA-T1-O.txt

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发表于 Post on 2024-10-28 12:35:58 | 只看该作者 Only view this author
log文件3.77 M无法上传

认真看置顶的社员必读贴
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发表于 Post on 2024-10-28 10:43:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 pal 于 2024-10-28 10:46 编辑

单纯就是初始结构有问题,clean操作之后结构很多时候都会变得很奇怪,像这个结构看一下就知道中间的两个甲基都和两个苯环叠在一起了,一般还是自己去把原子调整到合适的位置

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傻傻的木瓜

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发表于 Post on 2024-10-28 08:39:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2024-10-28 08:55 编辑

重新算一算,把#改成#P监控细节,特别是SCF收敛情况;去掉对计算没什么意义的geom=connectivity和原子坐标后面的连接关系列表(1 2 1.0 6 2.0 13 1.0等等),原因参考社长博文http://sobereva.com/414;去掉对几何优化无意义的temperature设定,原因参考社长博文http://sobereva.com/423;另外这种柔性体系需要考虑构象搜索,参考http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html,优化完还需振动分析确认无虚频。
√546=23.36664289109

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