四配位Zn配合物结构优化过程中结构乱成一团

1795467706 · 发表于 Post on 2024-10-28 21:24:45

L3Zn2.gjf (7.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 12) 这是四配位Zn配合物输入文件

这是优化过程中的图片，中心金属那里非常乱，求大佬指点一下这是什么原因造成的

imasen · 发表于 Post on 2024-10-31 11:36:01

本帖最后由 imasen 于 2024-10-31 11:43 编辑

加上隐式溶剂，并给泛函加上D3校正，如果计算出来还是这样的，说明当前结构下，质子在亚胺上才是合理的质子化配置。用GFN2-xTB级别跑了一下，确实是在亚胺上的。

截取优化后的部分片段，酚O与锌离子结合后本来结合质子能力就会降低，质子在亚胺上能与酚O和肟的N形成更稳定的双重氢键，所以这个结论是没啥问题的。

1795467706 · 发表于 Post on 2024-10-31 09:12:21

sobereva 发表于 2024-10-28 23:31
gen改成genecp
6-31g(d)后头别写个莫名其妙的0

L3Zn2.gjf (5.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 8) 这个是修改后的输入文件优化后好了很多

这个是优化后的结构
但是和金属原子配位的酚氧上的氢原子位置不合理，可能是什么原因呢

ionexchangeC · 发表于 Post on 2024-10-29 21:42:20

我在想，如果你对锌原子用了个诸如cc-pVQZ-pp之类的赝势基组，但是你还是把genecp写出gen，能不能正常结束任务并且保持住基本正常的结构呢？然后你就发现不了这个错误了。

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-28 23:31:41

gen改成genecp
6-31g(d)后头别写个莫名其妙的0

snljty2 · 发表于 Post on 2024-10-28 21:32:38

检查Zn是不是只指定了赝势基组没指定赝势。

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[Gaussian/gview] 四配位Zn配合物结构优化过程中结构乱成一团