生成gromacs拓扑相关问题：1.cgenff的罚分对模拟来说很重要吗 2.罚分过高是否能采...

AxiEJohn

本人也有些许蛋白配体模拟的经验。现请教一下处理小分子配体拓扑的问题。我以前用cgenff但无法处理罚分过高的问题便转向sobtop生成拓扑。请问GAFF力场与charmm力场有啥区别（我认为对精度没啥影响），罚分对模拟来说很重要吗（正如教程所说大部分拓扑生成都是黑箱，无法判断结构是否合理）。随着知识的积累，对于罚分过高是否能采用ORCA的mS方法optimize结构呢（然而我曾发过帖子询问使用此方法会导致极为不合理的成键，主要是氢原子与氧原子靠得过紧导致http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;extra=#pid307740。后虽听从sob老师直接使用GAFF但仍一知半解:老师不是说mS能用于计算有机分子吗，为啥会有这种问题。“对于含有可旋转键的有机分子，建议mSeminario计算键+键角，结合GAFF的二面角项（会顺带产生pair和improper项）。”此后若要进行药物结构优化我认为还是需要用到ORCA或高斯的）。最后，同时我看对蛋白的力场已有AMBER19甚至更新的，使用较老的AMBER14是否会有较大影响（我只能获取到14的）。

sobereva

“mS方法”指代不明，不要用奇怪的自己发明的缩写。我的言论里从来没出现过叫mS的东西

和GAFF有可比性的是CGenFF。搞清楚CHARMM和CGenFF的关系。CHARMM+CGenFF能描述的蛋白质+小分子配体的问题，用AMBER+GAFF一律能描述。我从不认为有什么必要非用CHARMM/CGenFF力场不可

那叫AMBER14SB、AMBER19SB。用AMBER14SB没任何问题