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[CP2K] CP2K算MD,不收敛后改设置smearing续跑成功,但是续跑数据能接上前面的数据吗?

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楼主
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-11-13 12:09 编辑

用CP2K跑一个300多原子的体系的MD, 400多步后就不收敛,或者爆内存,我改了timestep,改了smearing,改了内存后续跑成功。但是我不确定用了smearing,会不会和前面400多步的数据的温度或者能量数据连不上。我总共10000步,担心后面续跑的数据接不上,可能白跑了几天。请问smearing对温度和能量相对于没有设置smearing的时候会不会有不连续的现象?


我后面检查,前400多步也加了smearing。后面续跑是只改了内存设置,用的restart。但是还是希望知道一下万一前面问题的答案。以防下次犯这样的错误。

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发表于 Post on 2025-3-6 13:45:54 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2025-3-6 02:14:16 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2025-3-5 22:56
老师,我看cp2k讲义中FPMD部分实例2;高温下烷烃裂解的模拟部分后面建议为开启smearing使共价键解离成自 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-3-5 22:56:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-13 14:27
爆内存和SCF不收敛完全是两码事,前者是编译/运行环境/并行方式问题,后者怎么解决下文说了
CP2K中遇到SCF ...

老师,我看cp2k讲义中FPMD部分实例2;高温下烷烃裂解的模拟部分后面建议为开启smearing使共价键解离成自由基的曲线正确。如果在dft下做的是异裂,而非产生自由基,应该不需要使用smearing吧。smearing一般用于gap小的体系,我理解的是均裂成自由基,单电子轨道能量相近,gap低,所以需要开启smearing。如果是异裂,比如水解亲核反应,gap较大,就不需要开启smearing了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-13 16:08:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-13 14:27
爆内存和SCF不收敛完全是两码事,前者是编译/运行环境/并行方式问题,后者怎么解决下文说了
CP2K中遇到SCF ...

谢谢社长,我看过贴子了,上面写了smearing的部分。
爆内存显示了储存空间不够,和openstack size设置不合理。我改了ulimit -s unlimited/ulimit -m unlimited/注释掉了#export OMP_NUM_THREADS=12/#export MKL_NUM_THREADS=12/#export OMP_STACKSIZE=200MB
CP2K一直在跑,没有报错,但是速度变慢了很多,不知道是内存设置的原因,还是我把步长从1 fs改小为0.5 fs的原因?

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发表于 Post on 2024-11-13 14:27:31 | 只看该作者 Only view this author
爆内存和SCF不收敛完全是两码事,前者是编译/运行环境/并行方式问题,后者怎么解决下文说了
CP2K中遇到SCF难收敛时的解决方法
http://sobereva.com/665http://bbs.keinsci.com/thread-37196-1-1.html

smearing要开就从头就开,否则莫名其妙,本来也影响结果
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