请教CP2K计算Pd(111)表面吸附有机分子的两个问题

胡说

各位老师好，请教个关于CP2K计算Pd(111)表面吸附有机分子结构优化和能量计算的问题。
我想用CP2K重复文献中Pd(111)表面吸附有机分子的能量变化计算（文献用的VASP），如下图所示：

但我在优化图中红框的吸附结构，发现H原子会跑飞，尝试过多次，发现都会如此，如下图：

但是如果我将有机分子平躺吸附，则可以顺利优化出吸附后的结构。

另外，我也试了CP2K培训班讲义104页Pd(100)吸附苯分子的例子，发现如果把苯分子立起来，结构优化同样也会出现苯分子上的H跑飞的现象。

所以我的想法是，文献中这样的垂直吸附方式本身就是不合理的才会导致优化过程中H原子跑飞现象，平躺着吸附才是合理的吸附方式。
问题1：想问下论坛里各位老师，这样的想法是否正确？

另外一个问题是，关于文献图中II对应的过程的能量变化计算。该过程是有机分子N-C键断裂，只留下一部分右边部分吸附，这个过程有机分子变化如图所示：

问题2：那么计算反应前后能量变化需要原子数一致，这样的话，两个状态做差我是要计算左边部分片段的能量，即CH2CHCH2OCO，但是不是需要减掉一个H原子？还是左边这个片段也加H补全，不过最开始吸附完整分子时候加个H2？

胡说

ChemG 发表于 2024-11-15 13:36
至少应该把输入文件和结构文件放上来才能看出来是哪里的问题。

谢谢，可能是我的输入文件不合适，我先自己检查下

胡说

sobereva 发表于 2024-11-15 12:16
没具体输入文件没法说，应当是输入文件有硬伤（诸如用PSOLVER MT结合二维周期性时，分子竖着的时候盒子Z方 ...

好的，谢谢老师，我先按照您说的检查下输入/输出文件。

ChemG

至少应该把输入文件和结构文件放上来才能看出来是哪里的问题。

sobereva

没具体输入文件没法说，应当是输入文件有硬伤（诸如用PSOLVER MT结合二维周期性时，分子竖着的时候盒子Z方向尺寸不够），否则不可能跑飞。并且注意检查SCF是否充分收敛了

求差的时候两个结构的化学组成必须精确相同。诸如掉下来的片段必须也带着一起算（或者两个片段单独算的能量加和作为产物能量），才能和反应物能量求差