求助RNA+蛋白质+水的较大体系运算如何降低计算时间

高小白123

各位老师好，我最近在做RNA和蛋白质在水中10ns的模拟，每次运算都要一周的时间，我的mdp设置如下，请问如果降低输出的频率增大dt会不会让运算时间短一点呢？
nsteps                  = 5000000   ;
dt                      = 0.002     ;
另外想请教由于RNA柔性很大，我比较困惑模拟多长时间的结果是比较可信的呢？

xsc6

高小白123 发表于 2024-11-19 20:12
感谢指导，我是用超算提交任务来跑的，其实我的体系就十几万原子，跑得这么慢可能是我调用的核数太多了， ...

纯cpu就是很慢，再问超算买一点gpu，用gpu加速，十几万个原子一天几百ns没问题的

高小白123

xsc6 发表于 2024-11-19 01:31
1. 如何判断达到平衡http://sobereva.com/627
2. 我不知道你的大概有多少个原子，一般我自己电脑3700x+307 ...

感谢指导，我是用超算提交任务来跑的，其实我的体系就十几万原子，跑得这么慢可能是我调用的核数太多了，超过了实际需要。（感谢你的例子，我还以为大家都要跑很久呢）

xsc6

1. 如何判断达到平衡http://sobereva.com/627
2. 我不知道你的大概有多少个原子，一般我自己电脑3700x+3070的配置，几十万个原子跑10ns一天也应该是稳稳够的，我觉得你可能是在用纯cpu跑，分子动力学模拟步长小于体系中最小震动频率的1/10，一般是1fs-2fs，再大就不合理了，你也不用想着用这样的方式节省时间，建议还是像老板申请一下更换硬件资源，实在不行自己淘个二手显卡也能凑合用（我就是自己买的），不然实验有点耽误科研进度了

Seyilaxa

增大dt会让结果变得不可靠，系统还可能崩溃，constraints = h-bonds 配 dt= 0.002 就是最合适的
另外看你的体系有多大，不改体系的话建议用最新的gromacs版本，10w原子的体系配合好点的GPU加速一天跑个几百ns不是问题
模拟时间取决于体系有没有真正平衡，除非体系真的异常庞大，否则一般来说至少得跑100ns才能说明问题