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sakura22409 · 发表于 Post on 2024-11-20 19:29:40

本帖最后由 sakura22409 于 2025-7-8 11:19 编辑

各位老师好，我在学习md，最近需要做一个模拟乙醇水体系氧化铝膜过滤的问题，构造了一层板中间挖孔的模型，使用GROMACS跑完NVT后发现分子在通过孔后会贴在板的表面，没有达到预想的扩散到整个盒子里，由于是初学者没有研究清楚究竟是哪里的设置导致这个结果，想请教一下。
（附件包含两个单独的mdp文件和压缩包11内：初始模型的top，gro以及运行后的gro文件）

sakura22409 · 发表于 Post on 2024-11-26 11:00:13

sobereva 发表于 2024-11-21 05:04
怎么可能扩散在盒子里，板与扩散过去的分子有吸引作用，当然会吸在板上，除非温度高到令扩散过去的分子都呆 ...

好的，明白了，我再尝试一下填充分子，谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-21 05:04:38

怎么可能扩散在盒子里，板与扩散过去的分子有吸引作用，当然会吸在板上，除非温度高到令扩散过去的分子都呆不住，或者扩散过去的真空区域填充了和分子亲合性较好的溶剂之类

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