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[GROMACS] 乙醇水扩散体系贴在板表面问题

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各位老师好,我在学习md,最近需要做一个模拟乙醇水体系氧化铝膜过滤的问题,构造了一层板中间挖孔的模型,使用GROMACS跑完NVT后发现分子在通过孔后会贴在板的表面,没有达到预想的扩散到整个盒子里,由于是初学者没有研究清楚究竟是哪里的设置导致这个结果,想请教一下。
(附件包含两个单独的mdp文件和压缩包11内:初始模型的top,gro以及运行后的gro文件)

图片1.png (222.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图1.初始模型

图1.初始模型

图片2.png (123.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图2.GROMACS跑完后的模型

图2.GROMACS跑完后的模型

em.mdp

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eq.mdp

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11.rar

881.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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发表于 Post on yesterday 05:04 | 只看该作者 Only view this author
怎么可能扩散在盒子里,板与扩散过去的分子有吸引作用,当然会吸在板上,除非温度高到令扩散过去的分子都呆不住,或者扩散过去的真空区域填充了和分子亲合性较好的溶剂之类
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