计算点缺陷时基组的设置求助

whw19850730

我最近在使用crystal计算过渡金属化合物的点缺陷性质，对与缺陷位置的基组设置有些困惑。


crystal官网给出了计算LiF晶体中F空位的例子， 他们在计算F空位时候把F原子的内壳层电子


的基组去掉同时把核电子设为零，只 留下外壳层价电子的基组在空位上， 他们说这样可以减少 superposition error。


我现在计算的体系都是使用赝势方法计算的重元素，例如Se， I， Sr， Ba等。 我的困惑是对于这样的情况

我应该在他们空位缺陷上留下多少 basis set（重元素会包含很多基组）， 是留下赝势的产生的价电子基组，

还是全电子中的价电子基组（赝势和全电子的基组是不一样的）。 有人告诉我说阳离子空位不需要留下

价电子 basis set在空位上， 但是对于那些大的阴离子空位我确实不知道如何处理才好了。 我在crystal

官网求助他们没有给我回复， 希望公社里的各位老师能给我一些提示。 谢谢！

ice_rain

直接用ghosts关键词也可以。

苹果楠

卡开发发 发表于 2021-8-19 01:21
原理上应该是上面的说法，但具体这个过程实现我不怎么了解，可能给不了太多帮助。建议你最好查阅一下官方 ...

谢谢卡卡老师~

卡开发发

苹果楠 发表于 2021-8-18 16:37
所以您意思是我只需要保留和赝势匹配的价电子基组，把ECP（标红部分）去掉吗，比如如下Ti的基组
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原理上应该是上面的说法，但具体这个过程实现我不怎么了解，可能给不了太多帮助。建议你最好查阅一下官方资料或者咨询一下官方或是看看有没有熟悉Crystal的坛友来解答。当然也可以按照前面的说法做一下测试，然后从输出上做判断。

苹果楠

卡开发发 发表于 2021-8-18 13:04
如果考虑BSSE的话应该是保留基组而去除原子，否则ECP放在那还是会产生势。至于Crystal的ECP和Ghost实现上 ...

所以您意思是我只需要保留和赝势匹配的价电子基组，把ECP（标红部分）去掉吗，比如如下Ti的基组
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INPUT
12 1 3 2 0 0 0
11.2097100 -3.6658100 -1
1.6117200 3.8806700 -2
4.0096000 172.2505100 0
3.6640600 -155.0835600 0
31.6778200 4.0443300 -2
7.4579300 53.0004800 0
0 1 4 8 1.00
   51.08000      -.002004      -.006949
   4.180000      -.619686      -.326613
   2.997000      0.156029      0.544254
   1.019000      1.248817      0.789631
0 1 1 2 1.00
   1.383000      -.072891      -.025949
0 1 1 0 1.00
   0.374500      1.000000      1.000000
0 1 1 0 1.00
   0.12 1 1
0 3 4 2 1.00
   28.11000      0.025746
   7.630000      0.141260
   2.528000      0.400607
   0.854300      0.634532
0 3 1 0 1.00
   0.267300      1.000000

卡开发发

苹果楠 发表于 2021-8-18 11:00
考虑BSSE的话，需要把原子拿掉，留下基组（crystal里称为GHOSTS，原子核电荷和电子都拿掉了）；

CRYST ...

如果考虑BSSE的话应该是保留基组而去除原子，否则ECP放在那还是会产生势。至于Crystal的ECP和Ghost实现上的冲突他程序怎么写的，这点我吃不准，既然手册建议应该是有这方面的考虑。

苹果楠

卡开发发 发表于 2021-8-17 23:47
就是那个位置就直接把原子拿掉就可以了，我不知道你要额外考虑什么问题。

考虑BSSE的话，需要把原子拿掉，留下基组（crystal里称为GHOSTS，原子核电荷和电子都拿掉了）；

CRYSTAL手册里说GHOSTS不要和ECP一起用，但是我的体系中把使用了ECP的金属原子作为GHOSTS，发现貌似没有什么异常，不知道结果可不可靠。

卡开发发

苹果楠 发表于 2021-8-17 19:53
没明白。。考虑BSSE的话不是需要 拿掉的原子那部分 的基组留在空穴处吗？

就是那个位置就直接把原子拿掉就可以了，我不知道你要额外考虑什么问题。

苹果楠

卡开发发 发表于 2021-8-14 00:22
拿掉原子那个位置的赝势和基组都拿掉就好了。

没明白。。考虑BSSE的话不是需要 拿掉的原子那部分 的基组留在空穴处吗？

卡开发发

苹果楠 发表于 2021-8-13 23:03
卡卡老师好，您的意思是如果对金属使用了赝势的话，不要保留基组中赝势的部分，只保留价电子基组的部分吗 ...

拿掉原子那个位置的赝势和基组都拿掉就好了。

苹果楠

卡开发发 发表于 2017-2-3 00:31
要计算形成能之类的话，留下你实际用于计算完美晶体时相应原子所采用的价电子基组。意义上，一般应当把赝 ...

卡卡老师好，您的意思是如果对金属使用了赝势的话，不要保留基组中赝势的部分，只保留价电子基组的部分吗；如果保留了“赝原子的势”，会有什么影响吗？

卡开发发

是留下赝势的产生的价电子基组，还是全电子中的价电子基组

要计算形成能之类的话，留下你实际用于计算完美晶体时相应原子所采用的价电子基组。意义上，一般应当把赝势看成赝原子的势，这样再按照BSSE的定义来就很清楚了。对于局域型基组，能量相关的计算用的基组不大的时候还是做一下BSSE比较好。