基于原子计算径向分布函数，如何区分体系中相同的原子是属于哪个不同的分子呢？

saga

各位老师：
    gromacs计算径向分布函数时，如果基于原子计算径向分布函数，那么如何区分体系中相同的原子是属于哪个不同的分子呢？
    谢谢！！！

sobereva

“相同的原子” 指代不明
如果是不同类型分子有相同的原子名，selection语句同时将原子名和残基名作为选择条件

牧生

比如我用的十二烷基硫酸钠分子的itp文件中，有这样的atom字段，如下标红的部分


[ atoms ]
;  Index   type   residue  resname   atom        cgnr     charge       mass
     1     s6         1      SDS     S1            1    1.10200979   32.064787
     2     o          1      SDS     O2            2   -0.63436302   15.999405
     3     o          1      SDS     O3            3   -0.62694043   15.999405
     4     o          1      SDS     O4            4   -0.63368060   15.999405

那么，就可以使用gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -ref "name O4" -sel "name NA"，计算指定原子间的RDF