本帖最后由 KAIMISITERUI 于 2024-12-9 19:08 编辑
v1.2版本更新: 打包好的可执行exe文件:
重点更新:1.修复了调整显示页面的大小会影响显示效果的问题,新版本可以随意修改页面大小和比例了。 2.优化了导出cdxml文件的页面数量,使之更加合理。 3.修复了表格中有空行时导出数据会报错的问题。 4.如果有多个标志处于相同的位置,现在只会绘制一个
新增功能: 1. 重新调整了底部工具栏的代码,现在所有功能都可以正常使用了 1. 点击小房子按钮现在可以正常显示完整视图,效果等同于Show All 2. 前进后退按钮用于调整到前/后一个视角 3. 十字按钮左键用于拖动图像,右键拖动用于缩放,鼠标滚轮也可以缩放 4. 放大镜按钮用于矩形缩放 5. 滑块按钮用于调整显示范围 6. 点击保存图片按钮会出现对话框,输入ppi数值(比如一般期刊要求是300),可以直接保存高清大图。
2. 新增Show Grid选项,可以选择是否显示网格线 3. 表格区域现在可以右键点击数据区域的单元格,弹出菜单,此时选择删除行/列会删除单元格所在的行/列,还可以在单元格上侧/左侧添加行/列。 4.新增Open Table选项,如果不小心把表格关闭了可以点击重新打开。
注;所有版本保存的数据格式都是通用的,新版本也可以打开老版本保存的数据。建议大家使用最新的版本。 **********************以下是旧版本介绍**************************** v1.1版本更新: v1.1打包好的exe文件下载地址: 更新内容: 1.修复了绘制多条带有圆点的曲线时输出的cdxml文件中有些圆点会在曲线图层下面的问题。 2.当生成图像过大时,程序会自动拓展生成的cdxml文件的页面个数。 3.进一步优化了显示效果,目前程序模拟的输出效果和chemdraw绘制的结果几乎一致了,因此也增加了一些新功能。
新版本界面如下: 1. 增加了Curve Width 选项,用于调整曲线宽度 (默认0.6) 2. 增加了Font Size 选项,用于调整字体大小 (默认10.0) 3. 增加了Text Space 选项,用于调整文字和标志之间的距离(默认3.0) 4. 增加了Bond Width选项,用于调整线段的宽度 (默认2.0) 5. 增加了Label-Energy Layout 选项,设置能量数值和标签的位置关系,Sperate(分开显示),Combine(合并成一行显示) 6. 增加了Target location选项,用于设置文本和图形之间的位置关系:C (center) :中心位置,W S A D分别表示文本在图形的上/下/左/右 Sperate 和 Target location 组合在一起就可以有10种位置显示效果 7. 增加了Show Marker选项:勾选后会在屏幕中心显示一个苯环结构,大小和chemdraw中绘制的一致,用于判断曲线的大小是否合适。
关于位置设置: 如果想单独设置某个标签的位置,可以在单元格中添加逗号和位置信息,比如0.0(TS1),sw。第一个字母为s或者c,代表Label-Energy Layout中的Sperate或Combine,第二个字母为c/w/s/a/d中的一个,和Target location中的一致。程序会优先读取表格中的位置信息,如果没有则读取全局设置。表格保存的同时位置信息也会保存,可以避免多次修改。
比如:
剩下的在Chemdraw中微调就会很快了。 注:1. 新加的功能较多,有bug可以在评论区里反馈。 2. 修改显示窗口的纵横比会导致显示的效果和导出的效果有差别,目前还没有解决,大家使用的时候最好不要调整窗口比例。(v1.2已解决)
v1.0版本: 最近比较流行绘制曲线样式的反应能量变化图,这样看上去会更有势能面的‘’感觉‘’,但又没有找到什么工具可以直接绘制,直接在Chemdraw中手搓又过于繁琐,干脆写了个小程序,用于绘制曲线能量变化图,生成的cdxml文件可以被Chemdraw读取,方便后续编辑。使用方法如下: 1.安装: 该程序使用python语言编写,需要额外安装的库有numpy和matplotlib,如果对python不熟悉的话可以直接在网盘下载打包好的exe版本: 2.使用: 双击进入程序,会显示两个界面,数据界面如下: 这个界面用于设置反应能量变化的信息。前三列分别用于设置曲线颜色,标志颜色和文本颜色,双击即可进入颜色选择界面,后面为能量信息,如果有标签的话写在括号里,比如0.0(R)。下面的按钮依次为: 1. Add Row:添加行 2. Add Column:添加列 3. Delete Row:删除最后一行 4. Delete Column:删除最后一列 5. Save Data:把表格中的数据保存在当前目录下table_data.json中 6. Load Data:读取当前目录下的table_data.json文件,用于快速恢复已经编辑好的数据。
在数据选择界面输入输入0.0(R),15.0(TS),0.0(P),在主界面显示如下: 下图为颜色切换界面,可以快速自定义需要的颜色:
主界面的左侧会显示绘制的图形,滚轮可以放大缩小,便于观察。底部也有一些调整按钮,右侧则是调整图像的选项,分别如下: Scale Factor: 整体放大缩小 Scale Factor x: 沿x轴放大缩小 Scale Factor y: 沿y轴放大缩小 注:以上缩放只针对曲线大小,不会缩放标志和字体,且会影响输出的cdxml文件中的实际大小。
Base curve: 用于设置曲线的弧度,数值越大曲线弧度越大,为0则变成直线 Disp factor: 用于微调曲线,曲线x轴数值变化越大,弧度越大:
如下图所示,当两条曲线的x轴范围区别较大时单纯通过调整Base curve难以达到满意的效果:Base curve = 0.3时下面的曲线弧度已经合适,但是上面的曲线弧度太小。而当Base curve = 0.8时下面的曲线弧度又会过大,因此,可以通过调整Dispfactor使得两条曲线都具有合适的弧度。 Curve factor: 用于微调曲线,曲线y轴数值变化越大,弧度越大。原理和效果同上,只是根据y轴数值变化。 Bond length: 调整横线的长度 Circle Radius: 调整圆的半径
Shape:共有三个选择,分别为Line(横线),circle(圆)和None(没有标志),效果如下: Connection:设置曲线和线段或圆的的连接方式:Center(中心连接),Side(边缘连接) Line type:设置曲线的格式:Solid(实线),Dash(虚线) Show all: 点击展示完整的曲线。 绘制完成后点击ExportCDXML即可生成output.cdxml文件 复杂的例子:(上:程序显示,下:Chemdraw输出结果) 注:1.程序中显示的图像通过matplotlib绘制而来,尽量还原在Chemdraw中的效果,但是没法百分百还原,还是应以输出结果为准。缩放图像请使用滚轮,拖动图像点击图表下方工具栏的十字按钮。 2. 生成的cdxml文件默认的格式为ACS document 1996,字体为Arial 3. 像上图中为了实现第二条曲线从IM1出发,会导致IM1处有两组数据,记得删除其中一组。(v1.2已解决) 4. 该程序未经过大量测试,可能会有bug,及时保存。 最后如果大家有什么问题和建议都可以在本帖下留言,我会在能力所及的范围内进行修改。如果大家觉得好用的话给我点个赞即可   谢谢!
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