能量最小化后轨迹显示化学键断裂

milk_q

构建初始的盒子时分子有溢出，盒子大小20*20*20，插入分子数目25个（共14440个原子）填充spc2216水模型，

执行能量最小化integrator=cg、nsteps=10000、emstep=0.01
提示Polak-Ribiere Conjugate Gradients converged to Fmax < 100 in 1612 steps
Potential Energy  = -1.4301246e+07
Maximum force     =  9.8089813e+01 on atom 211626
Norm of force     =  2.4427334e+00
修正轨迹
gmx trjconv -s topol.tpr -f trajectory.trr -o trajectory_nojump.trr -pbc mol -center
VMD中mol bondsrecalc all
topo retypebonds
但是可视化估计显示，多个分子出现断裂

请问是什么原因

milk_q

所有盒子都显示了，还是伸到盒子外面了，也修复了轨迹，重新成键了

Uus/pMeC6H4-/キ

我还没用过1.9.4版，但是我说的“VMD的显示周期镜像功能”是指1.9.3版Graphical Representations窗口下面Periodic分栏的Select periodic images to draw。

跨越盒子显示的成键不代表分子断裂，只是VMD里CPK或者Licorice显示方式按初始结构判断成键关系、不受后续pbc wrap处理影响的特性而已，把显示分子的Representation换成DynamicBonds和半径调小点的VDW的组合就不会看到了。

milk_q

sob老师，显示周期镜像出现这样，重新成键后还是出现分子断裂

Uus/pMeC6H4-/キ

milk_q 发表于 2024-12-11 10:22
所以有些分子的一部分溢出盒子也是正常的嘛

在周期性边界条件下，分子伸出盒子不过是表示有一部分在初始的盒子有一部分在镜像的盒子罢了，是否出现键的断裂要综合键长等结构特征判断，用VMD的显示周期镜像功能可以检查。

对研究课题来说分子在溶液中随机均匀分散是否“正常”是另一回事，取决于预期现象。

milk_q

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-11 09:57
有机分子在溶液中随机均匀分散的状态下肯定多少会有跨越周期性边界的，而据我所知卷入盒子操作的效果要么像 ...

所以有些分子的一部分溢出盒子也是正常的嘛

Uus/pMeC6H4-/キ

有机分子在溶液中随机均匀分散的状态下肯定多少会有跨越周期性边界的，而据我所知卷入盒子操作的效果要么像一楼第一张图那样保留完整分子但伸出盒子，要么像第二张图那样全部塞进盒子但需要在盒子边界处截断；所有分子都完整处于盒子中的状态并非均匀分散，不是已经因相互作用团聚了就是有其他额外限制着分子的因素，这就超出单纯的按PBC来wrap的功能了。

milk_q

sobereva 发表于 2024-12-11 02:50
先单独用-pbc mol甭带-center避免问题复杂化。并且没用nojump的情况输出文件名最好别带nojump免得自己糊涂

sob老师，使用gmx trjconv -s P6-D2_em.tpr -f P6-D2_em.trr -o P6-D2_em_pbc.trr -pbc mol还是出现了分子跨越边界

sobereva

先单独用-pbc mol甭带-center避免问题复杂化。并且没用nojump的情况输出文件名最好别带nojump免得自己糊涂

milk_q

student0618 发表于 2024-12-10 18:54
用 gmx trjconv -pbc mol 处理周期性边界。

gmx trjconv -s topol.tpr -f trajectory.trr -o trajectory_nojump.trr -pbc mol -center处理过了

student0618

用 gmx trjconv -pbc mol 处理周期性边界。