使用make_ndx -f ligand.gro命令时显示输入失败

Abegren-sc · 发表于 Post on 2024-12-27 10:37:42

如题，在创建ndx文件时显示ligand.gro文件有误，将ligand.gro换成complex.gro文件同样报错。但是使用其他命令，如gmx editconf -f complex.gro 时gro文件可以正常输入。文件都有放在同目录，求解。
我的配体的gro文件是使用sobtop直接生成。gromacs 也是用的sobereva老师编译的2020版本。

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-12-27 11:31:04

Abegren-sc 发表于 2024-12-27 11:26
您好，应当与文件本身无关，我在重启电脑后问题一度得到了解决，但之后又重复出现。我想可能是我的gromac ...

问题就是没有protein.gro。你输入的命令明明和标题不一样

Abegren-sc · 发表于 Post on 2024-12-27 11:26:28

Seyilaxa 发表于 2024-12-27 11:11
图里并没有protein.gro

您好，应当与文件本身无关，我在重启电脑后问题一度得到了解决，但之后又重复出现。我想可能是我的gromacs 本身的运行出现了问题。

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-12-27 11:11:08

图里并没有protein.gro

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[GROMACS] 使用make_ndx -f ligand.gro命令时显示输入失败

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