小课题组-15w单路AMD 9654服务器装机配置购买求助

JonasWANG

各位老师元宵节快乐！我想请教一下单路志强六代6740E与AMD 9654服务器购买用于做AI+药物筛选，譬如DOCK，谁更推荐？（最近发现暂时用的比较多的是gromacs或amber）

1.前言（可略过）：
本人是新入学的研究生一名，导师想要我去做AI+苗头化合物药物筛选方向，但我本科阶段接触的都是湿实验，平时对于代码和计算机相关的了解也较少。导师秉着工欲善其事必先利其器的想法，给了我十万块让我先配台主机。因此这几天我逛遍各大论坛，咨询十几个销售，最后大概配置出了一套方案（不带专票税，超出10w小几千，4090显卡*4超过8w一些）（选志强是因为导师偏向志强的CPU，说志强的稳定些，我不太懂CPU，也不知道志强比AMD好在哪，便也就没有与之讨论）
【CPU 】intel 8581C 2.1G 60核；
【主板】技嘉MS03-CE0；
【内存】三星 48G DDR5-4800MHZ REGECC *8；
【散热】猫头鹰NH-U14S TR4-SP3双风扇
【固态硬盘】三星2TB 990PRO；
【机械硬盘】16TB 希捷 sata 企业盘*2；
【显卡】RTX 4090 24G*4；
【电源】长城2600W黑匣子；
【机箱】定制11槽位 塔式 4GPU），
其中特别感谢Sobereva老师所发的购机配置推荐（网址http://sobereva.com/444和http://bbs.keinsci.com/forum.php ... digest%26digest%3D1），
以及Entropy.S.I老师所发的4090测试（网址http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=33296&extra=page%3D1%26filter%3Ddigest%26digest%3D1）
导师对于整体方案大致满意，但是，导师认识一个Intel公司的

朋友，说六代志强要远远好于五代志强，便又让我重新配置六代志强的服务器，预算是不超过11w，也因此有了此次求助




2.具体事宜
在11w预算的前提下，本人找销售能够升级六代志强的配置如下（需更换主板和内存，其他不变，带税价格涨了8000左右，其中6740E为13000，比8581C贵了4200，而其他六代志强要2.5w起）：
【CPU 】XEON六代单路 6740E 96核心 2.4G
【主板】技嘉MS04-CE0
【内存】三星48GB ECC REG DDR5-5600


秉着性价比的原则，本人搜寻了六代志强的相关测试，找到几位老师的帖子（a9471163-http://bbs.keinsci.com/thread-51358-1-1.html，BakaHDT-https://www.bilibili.com/opus/944593699323510820），发现据测试结果显示：AMD9754 2P以多出17%的功耗领先 6780E 2P 39%，其中单路的9754 128核仅被对面双路288核的6780E领先了5%

因此，本人有以下几个问题咨询各位大佬：
1.此次升级是否有必要？
2.如果更换6740E，猫头鹰NH-U14S TR4-SP3双风扇散热能压住吗？（课题组有机房，不考虑噪音，仅考虑散热）如果不能各位老师有什么其他推荐或者修补建议呢？
3.如果换成AMD的CPU，11w预算内，上9654单路（1.4w的价格，与6740E为1.3w相差不远），是否性能更好？对于做AI+药物筛选，譬如DOCK是否有影响？

欢迎各位老师给予宝贵的建议，并祝各位老师：新的一年，身体健康，万事如意，财源广进，事业爱情双丰收！
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（手动划线）

2025-02-20

感谢各位大佬的建议，目前跟导师商量了一下，与其升级志强六代6740E，不如AMD yes！！！了！！！由于4090的涨价，没办法，预算也往上加了一些。

现在具体配置如下，总体预计138000，烦请各位大佬再看看是不是合理，或者还有没有优化的地方。十分感谢！！！

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（手动划线）

2025.02.25

导师组会听完一篇AI药筛的CELL汇报之后决定继续加大服务器配置的投入！！！

现在预算来到了15W+，说预算充足，他觉得需要再上12根DDR5 4800 48G，来个1152G的运行内存，但一根八百多，上12根内存就一万块了

我有个想法，多这个一万块，为什么不直接上双路9654？？？？？

求助大佬们给点建议！尤其是有没有做结构方向的老师！！！


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（手动划线）

2025.03.02

破案了，上周去学习发现，最近用的比较多的软件是gromacs或amber


求助各位看看最终配置，如果没啥问题的话，下周就开始采购了

gog

zdb 发表于 2025-3-12 17:54
4090不是没货，是现在的4090的价格涨势太离谱，基本一周1000左右的上涨，有货的想屯下，没货的由于研究院报 ...

只能说，不值得买了。等5带显卡吧。

caohanyuan11

看得我口水流下来了

zdb

4090不是没货，是现在的4090的价格涨势太离谱，基本一周1000左右的上涨，有货的想屯下，没货的由于研究院报账周期、资质问题，周期长了没有利润，50系列卡和40系列刚出来的时候一样，目前存在问题比较多，多卡设计到电源功耗、散热等问题，以及最重要的驱动问题，加之5090D变砖问题目前没有明确的解决申明，暂时不建议5090D多卡

JonasWANG

zdb 发表于 2025-3-10 10:27
主要在于  ‌芯片密度与信号完整性限制‌
    1.24GB/48GB DDR5内存采用新型24Gb高密度DRAM芯 ...

大佬您好，因为研究院这边的报销流程过于繁杂，很多服务器商家表示不接单，现在肯接我们单的厂家说4090没货，只有去收二手卡，或者让我们上5090d * 4，我想问一下多卡5090d有搞头嘛。

我们后面主要的用途应该是AIDD和CADD方向。
我查了一下极客湾的测评，说是5090d单卡AI性能和5090没有太大差别，比4090还强。

但大家说的是多卡方案不太行，能请教您一下5090d * 4的可行性嘛

zdb

751960653 发表于 2025-3-8 21:56
您好，真心求教。为什么您说48G内存的兼容性差于32G？我也查了一下有些店铺4800MHz 48G的内存价格是要低 ...

主要在于  ‌芯片密度与信号完整性限制‌
    1.24GB/48GB DDR5内存采用新型24Gb高密度DRAM芯片，其单颗容量提升导致信号传输稳定性要求更高。为确保高频下的信号完整性，主板设计需限制每个内存通道仅支持1个DIMM（1 DPC），避免多DIMM带来的信号衰减和干扰‌，对于组装来说影响不大，但是很多大内存平台限制就大了，一个通道一根内存，限制了intel就一个处理器8根内存，AMD一个处理器12根内存；
2. ‌Intel Xeon-SP CPU的内存控制器优化‌
    第4代和第5代Intel Xeon-SP CPU（如Sapphire Rapids和Emerald Rapids）的内存控制器针对24Gb芯片进行优化，支持高密度内存模块的时序管理和电压调节。而旧代Xeon处理器因控制器架构限制，无法兼容此类新型内存颗粒‌。支持的范围小，使用率低，

751960653

JonasWANG 发表于 2025-3-8 21:12
厂家说是全新的

751960653

sss668800 发表于 2025-2-19 15:03
哦对了，内存我当时没有注意看，建议48G内存改成32或者64G，兼容性更好

您好，真心求教。为什么您说48G内存的兼容性差于32G？我也查了一下有些店铺4800MHz 48G的内存价格是要低于32G的，这是为啥？楼主的MZ33和同泰怡T2SEEP主板参数显示最高支持4800MHz，这两主板也能支持5600MHz的内存吗？

JonasWANG

厂家说是全新的

751960653

JonasWANG 发表于 2025-2-14 15:41
是的是的，其他六代最便宜的都要2.5w起

所以我在思考老师要是愿意多花这个钱，不如直接上9654:shu ...

你好，想问下这 9654是全新的还是拆机下来的？

zdb

有机房建议做成机架式放机房吧，双塔式加上四张双宽涡轮卡，在运行起来后噪音还是很大的，办公环境基本上没办法满载运行，而且有一点这块主板如果加4090，那么必须将pcie通过延长的方式转到双塔式的另外一面，延长线初期是没有问题，使用一年后会有掉卡不识别卡的风险，一般需要换延长线

JonasWANG

lmch 发表于 2025-3-6 08:40
gmx还是需要单核性能相对强一些的CPU，建议再找渠道测试对比一下。

好的好的，谢谢您

lmch

JonasWANG 发表于 2025-3-4 17:19
大佬好，上周去学习才知道，后面暂时用的比较多的软件是gromacs或amber

gmx还是需要单核性能相对强一些的CPU，建议再找渠道测试对比一下。

JonasWANG

lmch 发表于 2025-2-28 11:46
你们组用的软件对大规模CPU并行的支持好么？ GPU类计算的话，9654 的单核性能够用吗？

大佬好，上周去学习才知道，后面暂时用的比较多的软件是gromacs或amber

lmch

你们组用的软件对大规模CPU并行的支持好么？ GPU类计算的话，9654 的单核性能够用吗？