VMD 2.0 alpha尝鲜兼议论

Uus/pMeC6H4-/キ

听闻VMD推出2.0 alpha版（https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd2intro/index.html），图形界面全新改版，觉得可开一帖综合聊聊安装和使用的问题。

目前（2月17日）开放下载的只有Linux版，不需注册用户即可点Download获得vmd-2.0.0a1.bin.LINUXAMD64.tar.gz。

一开始的编译就遇到问题了……
尝试在虚拟机的Rocky Linux 9.3操作，由于电脑只有普通集显，首先编辑configure.options删去OPTIXRTRT、LIBOPTIX、CUDA选项，然后再按README所述在目录下执行./configure，进入src文件夹执行make install，最后修改.bashrc添加环境变量。结果试图打开时报错

1. OpenGLDisplayDevice) Creating OptiX RTRT context...
   
2. OptiXRenderer) Error setting RT_GLOBAL_ATTRIBUTE_ENABLE_RTX!!!
   
3. ERROR) OptiXRenderer) ERROR: Failed to load OptiX library (OptiXRenderer.C:1045
   
4. ERROR) OptiXRenderer) Failed to create OptiX rendering context
   
5. OpenGLDisplayDevice) OptiX RTRT context created.
   
6. Segmentation fault (core dumped)

复制代码

用ldd检查编译产生的vmd_LINUXAMD64可执行文件，发现仍然显示liboptix.so.6.5.0 => not found。何故？

neocc

UW_0728. 发表于 2025-8-31 00:17
Windows版有了（Alpha 6），程序logo也变了，有个问题（也可能是我自己设备的问题）是每次开机后第一次打开 ...

我也下载了最新的win版，但是一打开就报错然后闪退

UW_0728.

Windows版有了（Alpha 6），程序logo也变了，有个问题（也可能是我自己设备的问题）是每次开机后第一次打开VMD2后图形界面会有很长一段时间无响应，随后才能正常开始使用；关掉后后续打开不存在这个问题；Linux下不存在这个问题。

Santz

chenbq18 发表于 2025-3-1 19:29
1. 运行configure，里面并没有编译过程
ldd 查看/vmd LINUXAMD64

glibc 版本过低，换高版本系统编译

Santz

chenbq18 发表于 2025-3-1 19:33
怎么运行啊 容器还有图像界面吗

需要你自己的 Linux 上有 Singularity/Apptainer，比如

1. singularity exec vmd-2.0.0a4.sif vmd

复制代码

chenbq18

Santz 发表于 2025-2-18 16:25
做了个 singularity/apptainer镜像供尝鲜使用，略大，基础系统里塞了很多东西。

vmd2.0.0a4-rocky8.1 ...

怎么运行啊 容器还有图像界面吗

chenbq18

1. 运行configure，里面并没有编译过程
ldd 查看/vmd LINUXAMD64

Uus/pMeC6H4-/キ

chenbq18 发表于 2025-2-28 22:13
没有release源码啊，只有bin包，怎么编译的？ 我台式机glibc版本不够，装不了，也想自己编译试试

啊这，我下载到的包确实应该属于pre-compiled Unix version，用“安装”一词而不是“编译”更合适……1楼说的操作是从目录下./README（或者./doc/ig.pdf）看来的，也不清楚glibc在哪一步可能用上了。

严格的从源码开始编译VMD这事还得看11楼这位lyj714大哥（甚至他的http://bbs.keinsci.com/thread-19148-1-1.html还是先修改1.9.4a源码再编译的），我也挺想看他出个教程讲一讲如何魔改呢

chenbq18

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-18 22:51
目前仍未搞定编译，暂时不想折腾了。我简单列举一下能想起来的几个问题，请能成功使用的帮看看：

1. 用T ...

没有release源码啊，只有bin包，怎么编译的？ 我台式机glibc版本不够，装不了，也想自己编译试试

牧生

boy机人 发表于 2025-2-24 11:05
大佬，请问取件码是多少，正好我试试docker

https://quwenjian.cc/#/?code=163L7

点开就行了啊，不需额外输入取件码啊

boy机人

Santz 发表于 2025-2-18 16:25
做了个 singularity/apptainer镜像供尝鲜使用，略大，基础系统里塞了很多东西。

vmd2.0.0a4-rocky8.1 ...

大佬，请问取件码是多少，正好我试试docker

fhh2626

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-18 22:51
目前仍未搞定编译，暂时不想折腾了。我简单列举一下能想起来的几个问题，请能成功使用的帮看看：

1. 用T ...

videomach已经免费了，挺好的

liuyuje714

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-18 22:51
目前仍未搞定编译，暂时不想折腾了。我简单列举一下能想起来的几个问题，请能成功使用的帮看看：

1. 用T ...

我了解的是1和6可以，其他的都不行吧。

zdworld

fhh2626 发表于 2025-2-19 11:44
开发活跃，搭配MDAnalysis或者MDTraj可以使用Python分析，更加灵活

但是太难用了，想做一个叠加SDF图倒腾半天也做不成

fhh2626

CrysW555 发表于 2025-2-19 11:15
请问nglview相比于VMD有哪些优势能否介绍或者推荐一下？

开发活跃，搭配MDAnalysis或者MDTraj可以使用Python分析，更加灵活