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[VASP] LDA+U体系用dynaphopy计算声子谱求助

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本帖最后由 高阁 于 2025-2-18 22:38 编辑

背景
我尝试用dynaphopy算Mg7O8Fe在2000K,50Gpa下的非简谐声子谱。目前仅在Fe上加了磁矩,在Fe的d轨道上加了U值,计算按照如下步骤进行:
1.线性响应计算U值。初始磁矩设为4,根据Calculate U for LSDA+U - VASP Wiki中方法算U。从这一步开始每一步加压。
2.结构优化;
3.phonopy用有限位移法计算0K时声子谱与FORCE_CONSTANTS。此处单点能计算时根据上一步更新磁矩,扩胞为1*2*2,共64个原子,晶格参数为7.96978、7.92590、7.92590
4.用NVP系综训练MFLL。此处POTIM=0.7,训练了50000步。从这一步开始每一步加温;
5.用MFLL计算MD,共200000步,POTIM=0.7;
6.Dynaphopy计算非谐性声子谱。
问题
1.请问如何确定哪些物质需要设置磁矩以及初始磁矩的值?目前我只给3d以及更高轨道的物质设置了磁矩,Fe的3d轨道有6个电子,4个轨道未充满,请问设置为4是否正确?
2.请问如何确定哪些物质需要设置U值?目前我只给Fe的d轨道加了U值,请问是否正确?
3.请问训练MFLL时IVDW应该如何设置?Part 2: Machine learning force fields4.2中给出IVDW=10,但是和LDA泛函冲突,目前我使用了PBE泛函,请问是否可行?如果用LDA泛函应该如何设置?
4.请问训练MFLL时能否使用单胞,等MD时再扩胞?上述扩胞大小是否合理?
5.请问用NVP系综训练MFLL时应该如何设置LANGEVIN_GAMMA_L和LANGEVIN_GAMMA?根据线性响应和U值以及涨落、耗散的关系,我猜测LANGEVIN_GAMMA_L为涨落,应该为LANGEVIN_GAMMA(耗散)的一半左右,LANGEVIN_GAMMA具体值应该与原子质量成正比,且应该与U值大小差不多。目前我将O的LANGEVIN_GAMMA取为U值的初值,其余元素按质量取初值,LANGEVIN_GAMMA_L取为U值作为初始值再调整。请问这样做是否合理?
6.请问用MFLL算MD后应该如何将轨迹可视化?目前使用ovito和VMD都会报错。
7.请问在训练MFLL和使用MFLL进行MD计算时有少量电子步未收敛(估计<3%)是否需要重新计算?
8.请问dynaphopy算声子谱时-psm 3和 -psm 1算得结果不同,是否说明参数设置还存在问题?

感谢指导!

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psm为1

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psm为3

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屏幕截图 2025-02-13 214920.png

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发表于 Post on 2025-4-14 21:16:54 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2025-4-14 08:10
原则上说,这么大的虚频肯定是可忽略的,剩下的看文章怎么写和图怎么出。但先不要急,如果这么看,一个是 ...

好的谢谢卡开老师,我计划先再尝试下波恩修正,这个是重新优化过结构算的声子谱,力收敛到10-7之后一直波动,感觉很难下降了,您说的方式我也尝试一下

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发表于 Post on 2025-4-14 08:10:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 卡开发发 于 2025-4-14 08:14 编辑
zhy996zhy 发表于 2025-4-13 13:12
卡开老师,我重新优化结构,力收敛到-7,计算声子谱putcar中结果如下,
550 f/i=    0.000188 THz     0 ...

原则上说,这么大的虚频肯定是可忽略的,剩下的看文章怎么写和图怎么出。但先不要急,如果这么看,一个是之前的收敛精度可能并不高,而且你之前可能没有重新优化过结构,建议多优化几次来消除一下Pulay Stress,再去算声子比较好,我没办法了解到你全部的计算流程。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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发表于 Post on 2025-4-13 13:12:39 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2025-4-6 18:47
确实有可能,但也不排除扩更大胞能够缓解。

卡开老师,我重新优化结构,力收敛到-7,计算声子谱putcar中结果如下,
550 f/i=    0.000188 THz     0.001183 2PiTHz    0.006280 cm-1     0.000779 meV
551 f/i=    0.000510 THz     0.003202 2PiTHz    0.016998 cm-1     0.002107 meV
552 f/i=    0.000652 THz     0.004095 2PiTHz    0.021741 cm-1     0.002696 meV,
想询问下您觉得这个虚频够小可以忽略吗?

微信截图_20250413131133.png (586.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

微信截图_20250413131133.png

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发表于 Post on 2025-4-6 20:30:18 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2025-4-6 18:47
确实有可能,但也不排除扩更大胞能够缓解。

好的谢谢老师,唉主要放图上不好看,只看outcar理论上够小了

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发表于 Post on 2025-4-6 18:47:12 | 只看该作者 Only view this author
zhy996zhy 发表于 2025-4-6 15:13
就是利用phonopy得出的band.dat绘图后有最大-0.21THZ的虚频,outcar中只有那三个,我不太清楚是否有可能 ...

确实有可能,但也不排除扩更大胞能够缓解。
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发表于 Post on 2025-4-6 15:13:51 | 只看该作者 Only view this author

就是利用phonopy得出的band.dat绘图后有最大-0.21THZ的虚频,outcar中只有那三个,我不太清楚是否有可能是phonopy本身插值的问题

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发表于 Post on 2025-4-5 09:58:08 | 只看该作者 Only view this author
数量吗,还是挺多的大概有 50 多条,就在图片中那两个下沉区域

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发表于 Post on 2025-4-5 04:25:12 | 只看该作者 Only view this author
zhy996zhy 发表于 2025-4-4 11:11
谢谢卡开老师,我重新看了下,outcar 没给全,最大虚频在-6cm-1,如果是这个量级呢

有多少虚频呢?
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发表于 Post on 2025-4-4 11:11:34 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2025-4-4 09:21
按道理不太会,其实按道理这个虚频足够小了。

谢谢卡开老师,我重新看了下,outcar 没给全,最大虚频在-6cm-1,如果是这个量级呢

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发表于 Post on 2025-4-4 09:21:21 | 只看该作者 Only view this author
zhy996zhy 发表于 2025-4-4 08:58
卡开老师,您觉得这两个虚频问题大吗,是否可以忽略,审稿人会不会一直追问

按道理不太会,其实按道理这个虚频足够小了。
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发表于 Post on 2025-4-4 08:58:07 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2025-4-3 22:44
那你可能得考虑对精度和超胞尺寸测试一下了。

卡开老师,您觉得这两个虚频问题大吗,是否可以忽略,审稿人会不会一直追问

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发表于 Post on 2025-4-3 22:44:20 | 只看该作者 Only view this author
zhy996zhy 发表于 2025-4-3 21:35
卡开老师,我重新确定了两个虚频最低点对应坐标,一个在G点和Z点之间,另一个在高对称点D上

那你可能得考虑对精度和超胞尺寸测试一下了。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
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发表于 Post on 2025-4-3 21:35:45 | 只看该作者 Only view this author
zhy996zhy 发表于 2025-3-28 14:41
非常感谢卡开老师,希望这次计算顺利吧

卡开老师,我重新确定了两个虚频最低点对应坐标,一个在G点和Z点之间,另一个在高对称点D上

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发表于 Post on 2025-4-3 19:44:04 | 只看该作者 Only view this author
卡开老师,这是高对称点:High-symmetry points (in fractional coordinates).
   0.0000000000   0.0000000000   0.0000000000     GAMMA
   0.0000000000   0.5000000000   0.0000000000     Z
   0.0000000000   0.0000000000   0.5000000000     B
   0.0000000000   0.0000000000  -0.5000000000     B_2
   0.5000000000   0.0000000000   0.0000000000     Y
  -0.5000000000   0.0000000000   0.0000000000     Y_2
   0.5000000000   0.5000000000   0.0000000000     C
  -0.5000000000   0.5000000000   0.0000000000     C_2
   0.0000000000   0.5000000000   0.5000000000     D
   0.0000000000   0.5000000000  -0.5000000000     D_2
  -0.5000000000   0.0000000000   0.5000000000     A
  -0.5000000000   0.5000000000   0.5000000000     E
  -0.5000000000   0.0000000000   0.5000000000     H
  -0.5000000000   0.0000000000   0.5000000000     H_2
  -0.5000000000   0.0000000000  -0.5000000000     H_4
  -0.5000000000   0.5000000000   0.5000000000     M
  -0.5000000000   0.5000000000   0.5000000000     M_2
  -0.5000000000   0.5000000000  -0.5000000000     M_4

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