跑NPT时盒子不变小

maoxinxina · 发表于 Post on 2025-2-26 09:44:00

在用一个网页中的教程跑NPT时，盒子没有变小，反而变成了一团大的和一团小的，求大神帮忙看看什么问题。跑的过程中有一段时间会把盒子跑满，但后面就变成这样了。中间一大团，下面有一点小的。网页来自于https://sites.psu.edu/simtech/di ... g-md-simulations/2/是一个教如何利用gromacs跑动力学计算介电常数的帖子。这里面是先让能量最小化，然后是NVT，再是NPT,最后是MD，得到介电常数，我到NPT这一步了，NPT里面的输入文件在附件里面。

maoxinxina · 发表于 Post on 2025-2-26 10:12:55

snljty2 发表于 2025-2-26 10:08
1. 感觉tau_p太大了
2. 如果体系还没平衡，不要用Parrinello-Rahman压浴，用Berendsen或者C-rescale结合ta ...

谢谢。

snljty2 · 发表于 Post on 2025-2-26 10:08:00

1. 感觉tau_p太大了
2. 如果体系还没平衡，不要用Parrinello-Rahman压浴，用Berendsen或者C-rescale结合tau_p=0.5试试
3. “一个网页的教程”最好把网页贴上，方便坛友判断你做到哪一步了，以及教程是否合理

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[GROMACS] 跑NPT时盒子不变小