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[波函数分析求助] 季胺中N原子的RESP电荷的问题

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本帖最后由 yuechenghua 于 2025-3-11 15:40 编辑

各位老师们好!因为做MD的原因,需要计算RESP电荷,结构就是将哌啶季胺化后得到了这样一个带正电的结构。

软件用的是orca(Program Version 5.0.4)和Multiwfn(3.8_dev_bin_Linux_noGUI)。

我先在B3LYP D3BJ 6-311G(d,p)下做了结构优化,然后在B3LYP D3BJ def2-TZVP下算的单点,拿单点的波函数用Multiwfn算的RESP电荷。在没考虑等价性约束的时候,N上的RESP电荷是0.0165219827,加上等价性约束后,N上的电荷变为0.0313512228,但应该也还是不对,参考文献中类似结构的N上的RESP电荷在-0.6左右,从电负性角度来看N上的电荷也应该是负数,所以现在想知道可能的问题出在哪里,求各位老师指导一下。
C6N_sp.inp (1.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

C6N_opt.inp (1.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

C6N_eqv.chg (1.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

C6N_noeqv.chg (1.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)





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发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
yuechenghua 发表于 2025-3-12 09:47
好的,感谢社长!

你好,可以问一下这个参考文献是哪一篇吗?我的体系也想参考一下,谢谢楼主。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-12 09:47:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-12 03:50
体系、构象不一样的情况下没有可比性
况且那是被包埋得很深的N原子,数值不确定性本来就大

好的,感谢社长!

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发表于 Post on 2025-3-12 03:50:43 | 只看该作者 Only view this author
yuechenghua 发表于 2025-3-11 15:38
感谢社长!下面是那篇文献SI里的单体结构图和每个原子的RESP电荷,我要模拟的聚合物和他们的很类似。这篇 ...

体系、构象不一样的情况下没有可比性
况且那是被包埋得很深的N原子,数值不确定性本来就大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-11 15:38:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-11 11:48
没有任何必然问题
我不知道你说的文献里是什么类似结构。当前体系是阳离子,N不带明显的负电荷非常正常

感谢社长!下面是那篇文献SI里的单体结构图和每个原子的RESP电荷,我要模拟的聚合物和他们的很类似。这篇文献里的RESP电荷也是用Multiwfn算出来的,但是我照他们的做法没办法复现他们的RESP电荷,不知道具体原因出在哪里。


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发表于 Post on 2025-3-11 11:48:19 | 只看该作者 Only view this author
没有任何必然问题
我不知道你说的文献里是什么类似结构。当前体系是阳离子,N不带明显的负电荷非常正常
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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