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[Gaussian/gview] 计算DNA在非均匀电场下的电子结构,高斯计算报错,不影响后续计算,最后结果能用吗

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大家好,我们希望计算DNA在非均匀电场下的电子结构。利用高斯16计算,计算设置为 :#p b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=water,pcm) charge。我们在体系内添加多个点电荷从而构造出非均匀的电场,因为DNA体系,所以我们想用PCM进行计算,但是,计算的过程中出现“ Warning! Some of the external charges might be outside the PCM cavity:The PCM calculation in these conditions is not meaningful.”说明,有点电荷离体系太远。我想请教各位,这样的计算结果可以使用吗?

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发表于 Post on 2025-3-21 12:19:05 | 只看该作者 Only view this author
zhouchen 发表于 2025-3-21 09:30
老师我尝试了SCIPCM,但是它不支持添加点电荷。
我想用ONIOM的方式实现背景电荷对于体系的作用,这里是 ...

ONIOM方式表现背景电荷和直接设置背景电荷,在对静电作用的描述上完全是一码事,都是点电荷。顶多是ONIOM时候用PCM模型时可以让MM原子也处在溶质孔洞内
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-21 09:30:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-14 14:58
如果点电荷离体系很近,并且在实际中对应放置周围原子的位置,让相应区域处于溶质空洞内
或者尝试基于电 ...

老师我尝试了SCIPCM,但是它不支持添加点电荷。
我想用ONIOM的方式实现背景电荷对于体系的作用,这里是我的输入文件,请老师帮我看看这样计算可以吗?

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发表于 Post on 2025-3-14 14:58:02 | 只看该作者 Only view this author
zhouchen 发表于 2025-3-14 09:35
老师,请问对我们这样的体系,想要加点电荷,又想用PCM还有别的方法吗

如果点电荷离体系很近,并且在实际中对应放置周围原子的位置,让相应区域处于溶质空洞内
或者尝试基于电子密度等值面定义孔洞的SCIPCM
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-14 09:35:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-13 07:43
可能点电荷把体系的电子密度极化得过于厉害,跑到了溶质孔洞外面。此时结果原理上没法用

老师,请问对我们这样的体系,想要加点电荷,又想用PCM还有别的方法吗

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发表于 Post on 2025-3-13 07:43:04 | 只看该作者 Only view this author
可能点电荷把体系的电子密度极化得过于厉害,跑到了溶质孔洞外面。此时结果原理上没法用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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