求助TIP4PEW的gro文件和top文件原子个数对不上

zhijiu · 发表于 Post on 2025-3-13 19:14:09

各位老师，您好，我用amberTools做了一个核酸+TIP4PEW+离子的体系，然后用gromacs跑能量最小化的时候，显示gro文件和top文件原子个数不匹配。我看了一下，TIP4PEW是四点水模型，gro的文件正好比top文件多了一些，就比如我加了1000个TIP4PEW，我的top里的molecules写的是WAT 1000；这个时候生成能量最小化tpr，显示gro比top多1000个原子，刚好就是水多的那个虚原子个数，请问这个问题该如何解决？

sarphuart · 发表于 Post on 2025-5-1 21:00:15

可以 Linux 对 gro 采用 cat em.gro |awk '{print $0;if($2=="OW"){a=$1;b=$3;c=$4;d=$5;e=$6;}if($2=="HW2")printf("%8s MW %4d%8.3f%8.3f%8.3f\n",a,b,c,d,e)}' > newicebox.gro，插入第四个虚原子

zhijiu · 发表于 Post on 2025-3-15 15:36:12

问题解决了，用Amber做完体系，载入了TIP4P的力场，然后用acpype的指令将top文件转换成gromacs形式出了问题，转换出来是tip3p的力场文件，所以原子数对不上，用amber自带的指令parmed进行转换就没问题，转换出来是TIP4P的力场。

Kiteliberator · 发表于 Post on 2025-3-14 14:48:52

可能是gmx pdb2gmx指令中的-water选项你没有选择tip4p水模型而选择了别的水模型，导致后续gmx solvate命令添加水分子时，gro文件正确添加，但是top文件没有添加

sobereva · 发表于 Post on 2025-3-14 04:42:17

问题莫名其妙，跟amberTools有什么直接关系，问题必须把所有细节交代完整

Lance先生 · 发表于 Post on 2025-3-13 21:35:52

水分子的tip4p.itp文件include正确的话应该不会出现该问题。

student0618 · 发表于 Post on 2025-3-13 19:30:27

水力场include了哪个？是正确的文件吗？

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[GROMACS] 求助TIP4PEW的gro文件和top文件原子个数对不上

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