Unknown element for KIND <__UNDEF__>.报错求助

NFUPenG

各位老师好，我使用ambertools生成的inpcrd文件，总是无法正常运算，如果将TOPOLOGY的输入文件改成其他格式则会出现无法识别力场的报错，希望各位老师不吝赐教。


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* [ABORT]    Unknown element for KIND <__UNDEF__>. This problem can be fixed  *
*  \___/  specifying properly elements in PDB or specifying a KIND section or *
*    |                getting in touch with one of  the developers!           *
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* / \                                                    topology_util.F:1248 *
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Uus/pMeC6H4-/キ

NFUPenG 发表于 2025-3-16 15:39
老师您好，qm区域的结构我已上传pdb格式，metadynamics研究的集合变量对应的是氢原子在水分子之间的转移 ...

不敢当，只是路过看一下……可能这里对理论方法和MD中的自由能计算方法有些误解。按我理解QM/MM属于前者，http://sobereva.com/680也有讨论，相对应的是量子力学（QM）或者分子力学（MM）等用于整个体系；metadynamics或者slow-growth属于后者，相对应的是http://bbs.keinsci.com/thread-13969-1-1.html提到的其他技术；理论方法和自由能计算方法可以权衡精度与资源互相搭配。

我不熟后者，好奇的点主要还是前者，如果氢原子转移只涉及有机小分子和少数水分子的话，不如直接放在一个十几二十埃的水盒子里做全体系的QM计算，省得折腾QM/MM的问题了，也同样可以结合metadynamics做自由能计算。

顺便说一句，我不知道QM用的BLYP泛函是从旧文献看来的还是怎么着，但这个泛函并不理想，截断能才400 Ry的话能量和受力的计算精度较差，特别是氧原子。我用DFT跑水溶液体系的MD时，一般都用PBE或者revPBE泛函结合D3色散校正。

NFUPenG

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-16 15:20
可以用pdb之类的格式展示一下整个体系的结构，并说明QM/MM各对应什么区域、metadynamics研究的集合变量对应 ...

老师您好，qm区域的结构我已上传pdb格式，metadynamics研究的集合变量对应的是氢原子在水分子之间的转移过程，这个体系做过慢生长法的计算，目前做QM/MM计算是为了尝试一个新方法。我学习了之前的帖子，发现问题出现在parmchk2检查力场参数时会出现Atom type of DU does not exist in PARMCHK.DAT的报错，目前在朝这个方向寻找解决方案。

Uus/pMeC6H4-/キ

可以用pdb之类的格式展示一下整个体系的结构，并说明QM/MM各对应什么区域、metadynamics研究的集合变量对应什么过程么？边长28埃的盒子可能含水分子是多了点，有没有减小点做全体系DFT计算的可能……？

NFUPenG

PLwang 发表于 2025-3-14 17:32
Unknown element for KIND 。写的很清楚了，建议你检查一下你的输入文件，重点检查ambertools的文件，是否 ...

谢谢老师的回复，我使用multiwfn生成的inp文件，MM区域的forcefield只能手动定义水分子的信息，而我的体系原子不知道该如何设置。

NFUPenG

sobereva 发表于 2025-3-15 06:31
看清楚版块再发帖，当前问题显然要发到第一性原理版块的[CP2K]分类。这次给你移动了，以后注意

对不起老师，第一次发帖没有注意到板块，下次一定注意！

sobereva

看清楚版块再发帖，当前问题显然要发到第一性原理版块的[CP2K]分类。这次给你移动了，以后注意

PLwang

Unknown element for KIND <__UNDEF__>。写的很清楚了，建议你检查一下你的输入文件，重点检查ambertools的文件，是否含有amber不支持的原子。amber没有支持的原子，或者说没有识别到的原子，会返回一个UNDEFINE（未定义）。
另外，建议使用multiwfn和sobtop生成你需要的东西，ambertools基本已经没有什么用处了。