本帖最后由 kilig 于 2025-6-11 09:39 编辑
2025.3.18： - 发帖内容为Rocky9.5系统安装，服务器防火墙设置和sftp无法使用等相关操作；
- 更新关于intel oneapi编译vasp.6.4.3+VTST安装教程，以及解决使用过程中遇到的问题；
- vaspkit1.5.1使用以及所需目录设置。
2025.3.19： - 针对centos7.9版本安装vasp.6.4.3，考虑到glibc版本低的问题，改用intel2019编译器进行安装vasp.6.4.3。
2025.3.20： - 将细节性的问题统一汇总在一个栏目当中，防止出现漏读以及阅读不方便的情况；
- 更新了gnuplot的安装方法，主要解决VASP粗算完成之后无法生成mps.eps曲线的问题。
2025.6.11： - 更新了Rocky9.5系统上使用intel oneapi安装vasp5.4.4的教程。
（一）intel oneAPI编译器安装
本人服务器为intel的cpu，此处以intel oneAPI为例
总共需要安装两个工具包，一个是Intel oneAPI Base Toolkit，一个是Intel HPC Toolkit Get the Intel® oneAPI Base Toolkit，下载离线安装包，此处找不到可以搜索相关教程。
下载文件后名字为：intel-oneapi-base-toolkit-2025.0.1.46_offline.sh intel-oneapi-hpc-toolkit-2025.0.1.47_offline.sh
将文件放入/home/software文件夹内
分别输入
./intel-oneapi-base-toolkit-2025.0.1.46_offline.sh
./intel-oneapi-hpc-toolkit-2025.0.1.47_offline.sh
进行安装，因为本人为Xshell进行远程安装，此处可选择安装Xmanager软件进行可视化安装，没有的话也不影响。
安装完成后
将代码放入底层环境变量
vi ~/.bashrc
输入i进入编辑模式，添加
#intel-oneapi
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh intel64
#vasp.6.4.3
export PATH=/home/software/vasp.6.4.3/bin:${PATH}
#vaspkit.1.5.1
export PATH=/home/software/vaspkit.1.5.1/bin:${PATH}
#VTST
export PATH=$PATH:/home/software/vtstscripts-1036
黄色为后面内容所需，可在此处一起添加
添加完成后esc退出，:wq保存退出
重新激活变量
source ~/.bashrc
进入/opt/intel/oneapi/2025.0/share/mkl/interfaces/fftw3xf目录下生成libfftw3xf intel.a文件
cd /opt/intel/oneapi/2025.0/share/mkl/interfaces/fftw3xf
make libintel64
（二）vasp6.4.3+VTST编译安装
1、vasp.6.4.3+VTST安装
（1）准备工作
cd /home/software
tar -zxvf vasp.6.4.3.tar.gz
tar -zxvf vtstcode-205.tgz ###下载链接Download — Transition State Tools for VASP
tar -zxvf vtstscripts.tgz
tar xvf vtstscripts.tgz
（2）vasp.6.4.3 编译
cd vasp.6.4.3
把arch/makefile.include.linux_intel拷到上一级目录下改名为makefile.include，然后修改如下几个位置:
PP = fpp -f_com=no -free -w0 $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)
FC = mpiifx
FCL = mpiifx
# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB = $(CPP)
FC_LIB = $(FC)
CC_LIB = icx
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB = $(FREE)
# For the parser library
CXX_PARS = icpx
LLIBS = -lstdc++
# relevant target when cross-compiling for another architecture
VASP_TARGET_CPU = -xHOST
FFLAGS += $(VASP_TARGET_CPU)
# Intel MKL (FFTW, BLAS, LAPACK, and scaLAPACK)
# (Note: for Intel Parallel Studio's MKL use -mkl instead of -qmkl)
FCL += -mkl=sequential
MKLROOT = /opt/intel/oneapi/mkl/2025.0
LLIBS += -L$(MKLROOT)/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64
INCS =-I$(MKLROOT)/include/fftw
修改完成后保存
（3）vasp及VTST文件编译
cd src
cp main.F main.F_original
修改main.F文件
大致在3542行（：3542），修改这两行代码：
CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)变为
CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
在940行左右，修改
IF (LCHAIN) CALL chain_init( T_INFO, IO)
变为
CALL chain_init( T_INFO, IO)
修改src文件中的隐藏文件.objects文件，在chain.o \前面添加如下内容（\后面不要有空格，禁止使用tab对齐，使用空格补齐）
vi .objects
bfgs.o \
dynmat.o \
instanton.o \
lbfgs.o \
sd.o \
cg.o \
dimer.o \
bbm.o \
fire.o \
lanczos.o \
neb.o \
qm.o \
pyamff_fortran/*.o \
ml_pyamff.o \
opt.o \
esc后，:wq保存退出
在makefile文件中修改
LIB= lib parser
变为
LIB= lib parser pyamff_fortran
将/home/software/vtstcode-205/vtstcode6.4.3文件中的内容复制到src文件下：
cp /home/software/vtstcode-205/vtstcode6.4.3/* src/cp -r /home/software/vtstcode-205/vtstcode6.4.3/* src/
文件编译完成！
进入vasp.6.4.3文件目录执行
make all
最后将vasp.6.4.3添加到底层环境变量
#intel-oneapi
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh intel64
#vasp.6.4.3
export PATH=/home/software/vasp.6.4.3/bin:${PATH}
#vaspkit.1.5.1
export PATH=/home/software/vaspkit.1.5.1/bin:${PATH}
#VTST
export PATH=$PATH:/home/software/vtstscripts-1036
本文参考教程：VASP5.4.4/内存报错+VASPKIT+CentOS7下装Materials Studio 8.0 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社
出处（计算化学公社）
VASP-6.4.1安装教程_vasp安装教程-CSDN博客
出处（CSDN博客）
关于VASP6.3.2中VTST插件的编译 - 知乎
出处（知乎）
解压缩tar zxvf vaspkit.1.5.1.linux.x64.tar.gz cd /home/software/vaspkit.1.5.1 bash setup.sh vi ~/.vaspkit 修改其中的PBE_PATH /home/software/pbe # Path of PBE potential. 修改其中的PYTHON_BIN = /usr/bin/python # Python executable program with its installation path. Recommend Anaconda package 将potpaw_PBE.54.tar.gz放入/home/software/pbe，输入cd /home/software/pbe，然后tar zvxf potpaw_PBE.54.tar.gz source ~/.bashrc
添加环境变量 #intel-oneapi
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh intel64
#vasp.6.4.3
export PATH=/home/software/vasp.6.4.3/bin:${PATH}
#vaspkit.1.5.1
export PATH=/home/software/vaspkit.1.5.1/bin:${PATH}
#VTST
export PATH=$PATH:/home/software/vtstscripts-1036
（四）使用过程中遇到的问题及解决方法汇总
1、服务器与服务器之间无法传输文件，sftp打不开或无法下载文件 针对服务器与服务器之间无法传输的问题，首先需要在对方服务器防火墙增加本服务器的ip地址。 firewall-cmd --permanent --zone=public --add-rich-rule="rule family="ipv4" source address="219.226.98.204" port protocol="tcp" port="1-65535" accept" 其次需要在服务器中开启下列功能，sftp使用中出现问题的直接走下面的方法！！！ 开启ssh中的sftp的internal-sftp功能 vi /etc/ssh/sshd_config Subsystem sftp /usr/libexec/openssh/sftp-server 修改为 Subsystem sftp internal-sftp 重启服务 sudo systemctl restart sshd
2、movie.xyz文件无法生成和VTST命令无法运行 （1）在过渡态插点完成之后无法生成movie.xyz文件的情况，进入/home/software/vtstscripts-1036
找到nebmovie.pl脚本，注释掉倒数第二个if整体语句即可
（2）rocky9.5相对于centos7来说perl模块中会少一个FindBin模块，会导致VTST的命令运行失败
可以将FindBin.pm文件直接复制到/usr/share/perl5文件夹中 3、在过渡态粗算完成后无法生成mps曲线的问题（选择性安装） 但经过测试发现rocky9.5系统在安装6.0.2版本时丢失QTore，因此依旧选择安装5.0.5版本 在官方下载gnuplot-5.0.5.tar.gz放入/home/software文件夹内 tar -zxvf gnuplot-5.0.5.tar.gz 解压完成之后 cd gnuplot-5.0.5 ./configure --prefix=/home/software/gnuplot make make install 完成之后在环境变量中添加如下部分 vi ~/.bashrc
#####gnuplot5.0.5 export GNUPLOT=/home/software/gnuplot export PATH=/home/software/gnuplot/bin:$PATH export MANPATH=/home/software/gnuplot/share/man/man1:$MANPATH esc退出编辑， :wq保存退出 source ~/.bashrc
至此粗算完成之后，输入nebresults.pl变回生成mep.eps曲线文件
| 
发表于 Post on 2025-3-17 11:11:08
|
只看该作者 Only view this author
|只看大图 View big picture
|正序浏览
|阅读模式 Reading model
收藏 Add to favorites
来自 10#
楼主 Author