计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 382|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 干酪根大分子(原子数在700)Gaussian频率计算中断问题

[复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

77

eV
积分
80

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
sob老师您好,我目前在计算干酪根大分子(原子数在700)的频率计算,先前已经用gaussian跑了20天跑完了结构优化,现在在进行频率计算过程中总出现linkdied,考虑到可能是内存不够,使用老师服务器64G内存尝试也无法解决,现在我该如何对这个大分子进行频率计算呢?下面是我的部分输出文件内容

Gaussian 16:  EM64W-G16RevC.01 30-May-2019
                21-Mar-2025
******************************************
%nprocshared=10
Will use up to    10 processors via shared memory.
%mem=60GB
%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\999\OIL SHALE OPT-ANNEAL-OPT- 16-freq.chk
----------------------
# freq b3lyp/6-31g(d')
----------------------
1/10=4,30=1,38=1/1,3;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=11,6=6,7=1,11=2,25=1,30=1,71=2,74=-5,140=1/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5,98=1/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1/1,2,10;
10/6=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7/8=1,10=1,25=1/1,2,3,16;
1/10=4,30=1/3;
99//99;
---------------------------------
oil shale opt-anneal-opt- 16-freq
---------------------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
C                     0.28384   20.06046   3.4894
C                     0.13742   20.91801   4.76926
C                    -0.9839    19.32066   3.02239
C                     0.52944   20.18137   6.05535
S                     0.29611   21.30936   7.50373
C                    -1.53814   18.26234   3.98834
C                    -2.76268   17.49561   3.45551
C                    -2.47636   16.56239   2.26935
C                    -3.70831   15.75857   1.83869
C                    -3.48194   14.82103   0.64262
C                    -4.78382   14.08583   0.26939
O                    -2.4665    13.87655   1.00979
C                    -4.79712   13.40405  -1.10558
C                    -6.1096    12.65912  -1.40094
C                    -6.26466   12.30251  -2.88492
C                    -7.5553    11.53536  -3.23324
C                    -7.76739   10.06537  -2.86322
C                    -6.77768   9.16023  -2.42705
C                    -7.08806   7.81189  -2.16797
C                    -8.37307   7.34201  -2.39246
C                    -9.40893   8.20404  -2.86836
C                    -9.07324   9.55301  -3.06968
C                    -1.46319   13.56612   0.05178
O                    -10.0854   10.35736  -3.52131
C                    -9.01714   6.0256   -2.09292
C                    -9.71073   5.60261  -3.22055
C                    -11.0214   6.33821  -3.27571
C                    -10.77016   7.67399  -3.15217
C                    -12.33799   5.74677  -3.71041
O                    -13.41893   6.66068  -3.70223
C                    -14.0213   6.80939  -2.42034
C                    -15.09339   7.89242  -2.49323
C                    -16.16496   7.67561  -3.57574
C                    -16.8781   6.31821  -3.5064
C                    -18.12098   6.23304  -4.40347
C                    -18.72851   4.82423  -4.45653
C                    -20.1094   4.77242  -5.12655
C                    -20.66653   3.35353  -5.34123
C                    -20.71622   2.49259  -4.07068
C                    -21.47406   1.16842  -4.24171
C                    -21.28104   0.22484  -3.04602
……
Rotational constants (GHZ):           0.0012915           0.0010879           0.0006578
Standard basis: 6-31(d') (6D, 7F)
There are  4917 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are  4917 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
  4917 basis functions,  9320 primitive gaussians,  4917 cartesian basis functions
  1059 alpha electrons     1059 beta electrons
       nuclear repulsion energy     89879.8417570437 Hartrees.
NAtoms=  680 NActive=  680 NUniq=  680 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=T Big=T
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=  4917 RedAO= T EigKep=  2.49D-04  NBF=  4917
NBsUse=  4917 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=  4917
ExpMin= 1.17D-01 ExpMax= 2.19D+04 ExpMxC= 3.30D+03 IAcc=3 IRadAn=         5 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor=  402 and IRadAn=       5 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=        2001
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=       500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
Initial convergence to 1.0D-05 achieved.  Increase integral accuracy.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -12346.0612420     A.U. after   19 cycles
            NFock= 19  Conv=0.96D-09     -V/T= 2.0094
DoSCS=F DFT=T ScalE2(SS,OS)=  1.000000  1.000000
Range of M.O.s used for correlation:     1  4917
NBasis=  4917 NAE=  1059 NBE=  1059 NFC=     0 NFV=     0
NROrb=   4917 NOA=  1059 NOB=  1059 NVA=  3858 NVB=  3858

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.12188938D+02


**** Warning!!: The smallest alpha delta epsilon is  0.98556751D-01



OIL SHALE OPT-ANNEAL-OPT- 16-freq.out

90.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

3

帖子

0

威望

77

eV
积分
80

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-23 14:44:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-22 16:26
700原子DFT做振动分析是开玩笑,根本没戏。内存消耗极大、耗时极高。白花了20天计算
非要用这么大模型用半 ...

感谢老师的回复!!我也在尝试更改方法使用簇模型、周期性模型或者ONIOM来尝试对小分子集团进行优化,目前正在划分簇模型区域。再次蟹蟹老师的指点!!

308

帖子

0

威望

2201

eV
积分
2509

Level 5 (御坂)

5#
发表于 Post on 2025-3-22 20:53:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dnlx 于 2025-3-22 23:49 编辑

700个原子的干酪根,大概有300个碳原子,400个氢原子,少量氧硫原子,很多柔性长链。频率计算结果即使出来了,也是一大堆小虚频。如果需要找反应过渡态,更加耗时。

所以一定要先从小体系往大里试,这样可以边做边积累经验,了解计算结果对分子大小和分子结构的敏感程度,而且能认识到问题的难度和需要的时间。

现在一上手就做这么大的分子,不光是白费了很多机时,你的课题或者毕业进度都让人担忧啊。

另外,这种柔性大分子优化的时候就应该加色散校正(http://sobereva.com/413):

对于很多柔性大分子,存在显著的分子内相互作用,因此弱相互作用对其不同构象间的相对能量、构象结构影响极大,故研究它们的构象问题也属于下述的“计算弱相互作用”的范畴里。
...
当你研究的问题涉及到弱相互作用,而且当前用的理论方法不足以合理描述色散作用,色散校正是一定要加的!


评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
tcntcn + 3 赞!

查看全部评分 View all ratings

99

帖子

0

威望

1542

eV
积分
1641

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2025-3-22 20:10:45 | 只看该作者 Only view this author
700个太大了,应当降低计算方法,别用DFT了,可以看看grimme的XTB程序的一系列方法。
https://github.com/grimme-lab/xtb

如果你一定要用B3LYP,用orca结合RI也许能跑,建议你64G跑4*15G。

之前给老板跑硬要的大概600原子的CH cage freq,PBE0/def2SV(P) 24*5G跑了50h。最大内存用了4000多MB 供你参考下

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
tcntcn + 3 赞!

查看全部评分 View all ratings

331

帖子

3

威望

1766

eV
积分
2157

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2025-3-22 17:35:47 | 只看该作者 Only view this author
感觉可以试试看南京大学黎书华教授、李伟教授课题组开发的低标度量子化学程序(Low Scaling Quantum Chemistry),或许有希望算动这种大体系:
https://nju-itcc.feishu.cn/docx/OawIdu7P2oqLHbxy07ucumqbn0d

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-3-22 16:26:19 | 只看该作者 Only view this author
700原子DFT做振动分析是开玩笑,根本没戏。内存消耗极大、耗时极高。白花了20天计算
非要用这么大模型用半经验级别足矣
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 07:14 , Processed in 0.158245 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list