复刻他人做的一个香叶酸阴离子和胆碱阳离子团簇构型搜素，但是结果却不一样

18367716590 · 发表于 Post on 2025-3-31 19:20:58

按照师哥步骤先用gaussview画出来香叶酸阴离子和胆碱阳离子构型，然后Gaussian优化单体后，用molclus和自带的genmer做了800个搜索出来的结构

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-3-31 22:19:15

这种体系非常柔，构象很多很正常。
如果想考察不同构象下的考察弱相互作用，可以再跑一段分子动力学，在动力学过程中体现构象平均。

18367716590 · 发表于 Post on 2025-3-31 20:47:06

KAIMISITERUI 发表于 2025-3-31 20:42
你俩搜索出来的结构不是很像吗，只是链的朝向不同而已，这种柔性链的构象多很正常呀，但计算出来的 ...

感谢回复，小白不太懂

KAIMISITERUI · 发表于 Post on 2025-3-31 20:42:52

18367716590 发表于 2025-3-31 20:17
这是我们分别搜索出的最低能量构象，但是却外观（？）不一致

你俩搜索出来的结构不是很像吗，只是链的朝向不同而已，这种柔性链的构象多很正常呀，但计算出来的能量应该是接近的。而且你电荷设置应该是-1，而不是0。你师哥都快让你吓死了。

18367716590 · 发表于 Post on 2025-3-31 20:17:33

KAIMISITERUI 发表于 2025-3-31 20:13
结果不一样是指什么？是指数据完全不同还是搜索出了能量更低的构象？如果是前者证明你们的计算流程有问题， ...

这是我们分别搜索出的最低能量构象，但是却外观（？）不一致

KAIMISITERUI · 发表于 Post on 2025-3-31 20:13:40

结果不一样是指什么？是指数据完全不同还是搜索出了能量更低的构象？如果是前者证明你们的计算流程有问题，如果后者可能是构象生成的不够充分。

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[新手求助] 复刻他人做的一个香叶酸阴离子和胆碱阳离子团簇构型搜素，但是结果却不一样