对金属蛋白做突变，金属离子的拓扑参数能使用野生型生成的吗？

YuniJ · 发表于 Post on 2025-4-2 15:55:21

各位老师，由于gromacs没有ZN的拓扑参数，因此我使用ambertool的mcpb.py(过程中包括使用gaussian对结构进行优化)生成了整个野生型蛋白质包括ZN、水、配体的拓扑文件和坐标文件。现在我想突变野生型蛋白质并进行模拟，但由于数量比较多（不突变ZN的配位残基），所以我想请教一下各位老师我应该怎么做？可以直接用野生型中ZN、水、配体的拓扑参数吗？