求助：CCSD(T)/aug-cc-pVQZ计算单点能直接报错

littleear

各位老师同学们好，我用CCSD(T)/aug-cc-pVQZ计算一个20个原子出头的氨基酸的单点能，用nohup g16 -c=”0-100” < XXX.gjf > XXX.out &命令，一开始运行就马上结束了，并且不生成chk文件，得到的out文件是乱码的，请问是怎么回事呢？

PS：我是第一次用这个泛函和基组，会不会是我的关键词写得有问题呢？

littleear

酥大墙 发表于 2025-4-9 17:22
接近20个第二周期及以下的原子的CCSD(T)即使用ORCA计算，对于性能一般的机器，基组也差不多只能到jun-cc-pV ...

好的，非常感谢您的建议

酥大墙

接近20个第二周期及以下的原子的CCSD(T)即使用ORCA计算，对于性能一般的机器，基组也差不多只能到jun-cc-pVTZ，aug-cc-pVTZ都是天方夜谭，更不用说aug-cc-PVQZ了。
另外我个人是强烈不建议使用Gaussian做后HF计算的，Gaussian的MP2算得慢还非常吃硬盘，除非你原子数很少（<20）。

littleear

sobereva 发表于 2025-4-9 04:21
CCSD(T)/aug-cc-pVQZ算这个纯属开玩笑，这个级别只能算得动个位数原子的体系
对于Gaussian用户算这个，M06 ...

好的，谢谢社长的指导

sobereva

CCSD(T)/aug-cc-pVQZ算这个纯属开玩笑，这个级别只能算得动个位数原子的体系
对于Gaussian用户算这个，M06-2X或B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVPP基本可以达到发文章程度的精度，耗时也不高。要更高精度可以用ORCA跑wB97M-V/def2-QZVP，若追求极致精度，理论方法还可以进一步提升到DLPNO-CCSD(T) tightPNO

littleear

18217265596 发表于 2025-4-8 20:01
20个原子出头的aa
多半构象还不单一
你要算氢键键能还要做构象搜索

嗯嗯好的，感谢您的建议，我之前确实没有考虑到多构象问题

littleear

Tenshi65535 发表于 2025-4-8 19:55
out文件还是能读取的 帮你贴出来

好吧，我在gjf文件里面写CPU调用了，是可以运行了，但是应该算不动

18217265596

20个原子出头的aa
多半构象还不单一
你要算氢键键能还要做构象搜索
你这个体系
dlpno ccsd(t) + tz级别的基组应该能轻松算
上qz估计悬
我建议别搞这些花里胡哨的
老老实实用双杂化泛函+tz级别的基组算得了
这种物质结构误差比基组方法误差大多了

续：我看了你的结构，苯丙氨酸，这显然溶液中就不是单一构象了，而是多构象按权重分布
晶体里可能是单一构象 但这是另一回事

Tenshi65535

littleear 发表于 2025-4-8 18:26
在的，我刚刚添加附件了，请您查看

out文件还是能读取的 帮你贴出来

1. Set GAUSS_CDEF to "”0-50”".
   
2. Entering Gaussian System, Link 0=g16
   
3. Initial command:
   
4. /home/zez/apps/g16/l1.exe "/home/zez/apps/g16/scratch/Gau-103510.inp" -scrdir="/home/zez/apps/g16/scratch/"
   
5. Default CPUs for threads: ”0-50”
   
6. QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
   
7. ”0-50”
   
8. '
   
9. Last state= "Top"
   
10. TCursr=        59 LCursr=         0
    
11. Error termination via Lnk1e in  at Tue Apr  8 18:25:07 2025.
    
12. Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
    
13. File lengths (MBytes):  RWF=      0 Int=      0 D2E=      0 Chk=      0 Scr=      0
    
14. Error: segmentation violation
    
15.    rax 0x0000000000000000, rbx 0x000000000921e198, rcx 0xffffffffffffffff
    
16.    rdx 0x000000000001945e, rsp 0x00007fffa8e1f6d8, rbp 0x0000000001fad8f0
    
17.    rsi 0x000000000000000b, rdi 0x000000000001945e, r8  0x000000000079c550
    
18.    r9  0x0000000046761c70, r10 0x00007fffa8e1eae0, r11 0x0000000000000206
    
19.    r12 0x00007fffa8e1f790, r13 0x00007fffa8e1f808, r14 0x00007fffa8e1f800
    
20.    r15 0x000000000921e1b8
    
21.   /lib64/libpthread.so.0(+0xf630) [0x2af64fc01630]
    
22.   /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2af650146657]

复制代码

littleear

Stardust0831 发表于 2025-4-8 18:39
高斯用不了VV10。
非要用高斯算相互作用的话，用M06-2X/def2-QZVP算单点.

好的好的，非常感谢指导，我的服务器就是普通的双路服务器，52线程的，192GB内存，估计是不太能算得动CCSD(T)/Aug-cc-pVQZ了
我还想请教一下，Gaussian用M06-2X/def2-QZVP算单点能的话，用来描述氢键键能的程度，是勉强可接受的，还是比较能接受呢？优化的时候用def2-TZVP够了吗？

Stardust0831

littleear 发表于 2025-4-8 18:29
噢噢好的，非常感谢，请问Gaussian用此水平也可以描述该体系的氢键吗？

高斯用不了VV10。
非要用高斯算相互作用的话，用M06-2X/def2-QZVP算单点.

换ORCA的话可以用更新更好的泛函，在ORCA的RI加速的帮助下也可以轻松算动大基组。同时可以用gCP很轻松的处理好BSSE。


By the way，如果是计算分子内氢键，情况会有所不同，此时可以参考：《计算分子内氢键键能的几种方法》

Stardust0831

littleear 发表于 2025-4-8 18:30
我对这个水平的计算量理解不够，因为之前没用过，我也是看帖子上提到该水平非常高，但是具体多高就不甚清 ...

内存和硬盘消耗都极大，计算耗时也远高于一般计算。
我给你推荐的是普通服务器可以算动的、精度通常也足够可靠的级别。
如果你是核很多、内存很大的服务器，请详细说明配置和可接受的计算时间。

littleear

DavyHou 发表于 2025-4-8 15:34
二十多个原子，你确定用pVQZ，你机器内存够吗？感觉这种级别的计算，内存至少两百GB起步。

我对这个水平的计算量理解不够，因为之前没用过，我也是看帖子上提到该水平非常高，但是具体多高就不甚清楚了，没想到要这么大的内存吗？

littleear

Stardust0831 发表于 2025-4-8 15:32
除非你明确知道这个级别意味着什么。否则不建议继续使用。
当前的计算量极其庞大，不是普通电脑能算动的 ...

噢噢好的，非常感谢，请问Gaussian用此水平也可以描述该体系的氢键吗？

littleear

Tenshi65535 发表于 2025-4-8 15:27
乱码的out文件还在吗

在的，我刚刚添加附件了，请您查看