优化碳酸根和丙二醇结构，丙二醇羟基上的H会跑到碳酸根上，有什么办法不跑嘛

gwh1206 · 发表于 Post on 2025-4-16 12:50:34

使用高斯16在B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**水平优化碳酸根和丙二醇的结构，最终会导致丙二醇羟基上的H跑到碳酸根上。但是类似的动力学论文上，并没有出现这种情况。这是因为缺少正电荷导致的嘛？请问各位老师，这种应该怎样解决情况？十分感谢！

gwh1206 · 发表于 Post on 2025-4-16 22:26:24

wzkchem5 发表于 2025-4-16 21:14
可以，溶剂设为丙二醇
此外可以显式考虑K+。K2CO3在水里是强电解质，不代表在其他溶剂里也是强电解质，K ...

感谢老师！

spinel · 发表于 Post on 2025-4-16 21:17:59

gwh1206 发表于 2025-4-16 21:10
老师您好，因为我的碳酸钾是固体，丙二醇是液体，是将固体碳酸钾和丙二醇混合形成透明溶液，没有任何水分 ...

这个我就不是很清楚了，你可以等等看其他人的回复。我之前做过类似的结构优化，直接在真空中优化，H会偏离原来的位置和附近其他原子结合，我用隐式溶剂模型，在正庚烷这种非极性溶剂中做结构优化，就不会出现这种问题了，和我实验也对应，我实验中这个体系就是溶解在非极性溶剂中。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-4-16 21:14:43

gwh1206 发表于 2025-4-16 21:10
老师您好，因为我的碳酸钾是固体，丙二醇是液体，是将固体碳酸钾和丙二醇混合形成透明溶液，没有任何水分 ...

可以，溶剂设为丙二醇
此外可以显式考虑K+。K2CO3在水里是强电解质，不代表在其他溶剂里也是强电解质，K+可能离[CO3]2-不远

gwh1206 · 发表于 Post on 2025-4-16 21:10:20

spinel 发表于 2025-4-16 21:01
可以尝试在隐式溶剂模型下做结构优化

老师您好，因为我的碳酸钾是固体，丙二醇是液体，是将固体碳酸钾和丙二醇混合形成透明溶液，没有任何水分参与，这种情况可以在隐式溶剂模型下优化两个结构嘛？

gwh1206 · 发表于 Post on 2025-4-16 21:03:00

wjc404 发表于 2025-4-16 16:29
隐式溶剂模型用了没？
显式溶剂模型，氢键关联的溶剂分子是不是给少了？

十分感谢回答！目前还未了解清楚溶剂模型（还在学习中），不过我在高斯中优化结构的时候，是按真空环境优化。按照您的解答，我是需要在丙二醇的溶剂下优化嘛？

spinel · 发表于 Post on 2025-4-16 21:01:43

gwh1206 发表于 2025-4-16 20:58
十分感谢回答！我是想证明碳酸根会和丙二醇的羟基形成氢键，所以开始的时候会把碳酸根的O靠近丙二醇的羟 ...

可以尝试在隐式溶剂模型下做结构优化

gwh1206 · 发表于 Post on 2025-4-16 20:58:49

pal 发表于 2025-4-16 14:52
首先，文献里面的是乙二醇，然后，一般的分子动力学不涉及成键，断键，当然不会出现这种情况，没有可比性。 ...

十分感谢回答！我是想证明碳酸根会和丙二醇的羟基形成氢键，所以开始的时候会把碳酸根的O靠近丙二醇的羟基。如果偏远一点，确实是不会有这种情况，但是和我想证明的两者通过氢键连接形成透明溶液不太符合。

wjc404 · 发表于 Post on 2025-4-16 16:29:29

隐式溶剂模型用了没？
显式溶剂模型，氢键关联的溶剂分子是不是给少了？

pal · 发表于 Post on 2025-4-16 14:52:55

首先，文献里面的是乙二醇，然后，一般的分子动力学不涉及成键，断键，当然不会出现这种情况，没有可比性。
可以看看初始结构或者设置有没有问题，例如是不初始结构的OH上的H离CO3太近了之类的

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[新手求助] 优化碳酸根和丙二醇结构，丙二醇羟基上的H会跑到碳酸根上，有什么办法不跑嘛