关于使用ORCA 6.0.0的GOAT模块进行多核计算时只有1个核心在运作的问题

Hitomilpc · 发表于 Post on 2025-5-14 13:05:08

各位老师好，
我最近在学习用ORCA的GOAT模块做一些构象检查的工作，我的ORCA版本是6.0.0，平台是windows，已经安转了MSMPI，并且确认当进行OPT FREQ SP这类常规任务时，并行计算没有问题。但是当我进行GOAT任务时，计算用的核心数只有1 (利用率100%)，其他核心利用率都接近0%，然而我在inp file内的设置数是24。想请教一个各位老师，问题可能出在哪。我的input文件如下：

!GOAT XTB Normalprint

%output
Print[P_Basis] 2
Print[P_MOs] 1
end

%Pal NPROCS 24 end
%MaxCore 4000

*xyz 1 1
...
*

wzkchem5 · 发表于 Post on 2026-3-9 19:00:59

Daniel_Arndt 发表于 2026-3-9 14:54
实际情况是这样的，我用GaussView查看的时候，如果不看“Labels”（原子序号），两个构象没区别；如果看 ...

GOAT的RMSD算法是考虑了原子序号的变化的。考虑了原子序号变化后RMSD接近0，但不考虑原子序号变化时RMSD接近0的两个构象，叫做rotamer。参见https://www.faccts.de/docs/orca/ ... the-delta-s-rm-conf
所以如果两个rotamer被判断成了两个不同的conformer，应该还是RMSD阈值太严，或结构优化收敛得不够严

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2026-3-9 14:54:29

wzkchem5 发表于 2026-3-9 11:45
就是两个分子可以重合是吗？VMD等软件算出来的RMSD接近0？
如果RMSD很小，但也离0有一定距离（比如RMSD ...

实际情况是这样的，我用GaussView查看的时候，如果不看“Labels”（原子序号），两个构象没区别；如果看“Labels”（原子序号），才能看出来二者之间的不同就是三苯基膦绕着金属跟膦之间的键转了个120度（我当时算的是三苯基膦跟一个过渡金属试剂配位）。这两个构象如果直接用VMD算RMSD的话，肯定不接近0；但如果把其中一个构象中三个苯环的原子顺序调一下再算RMSD的话，结果就很接近0。

至于可能的解决办法，一个是让用户在GOAT计算的输入文件中设置fragment，要用到“%frag”、“ConstrainFragments”、“ConnectFragments”，把三苯基膦设置成一个不允许其变动的fragment，或者是仅允许氢原子变动的fragment（“optimizeHydrogens true”）；另一个办法就对开发者而言很麻烦了，更改计算RMSD的算法，仿照 https://doi.org/10.1186/s13321-020-00455-2 ，可能会导致很多代码要变动。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2026-3-9 11:45:08

Daniel_Arndt 发表于 2026-3-9 10:16
可能类似我之前遇到的情况。我研究的体系里有三苯基膦配体，有时候两个结构的不同仅仅是三苯基膦转了约12 ...

就是两个分子可以重合是吗？VMD等软件算出来的RMSD接近0？
如果RMSD很小，但也离0有一定距离（比如RMSD 0.1埃），那就是GOAT的结构优化标准太松了，或GOAT的RMSD标准太严了。可以用tightopt优化收敛后，再参考我之前给的链接去重

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2026-3-9 10:16:16

wzkchem5 发表于 2026-3-8 21:31
什么叫看起来一样？确定不是对映异构体或非对映异构体？

可能类似我之前遇到的情况。我研究的体系里有三苯基膦配体，有时候两个结构的不同仅仅是三苯基膦转了约120度的差别，然后GOAT就会认为两个结构不一样，但只要用可视化软件看一下，就知道是一样的东西了。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2026-3-8 21:31:38

QJW 发表于 2026-3-8 15:33
老师,gaot输出了三个看起来一样的结果

什么叫看起来一样？确定不是对映异构体或非对映异构体？

QJW · 发表于 Post on 2026-3-8 15:34:02

wzkchem5 发表于 2026-3-8 14:53
GOAT（包括GOAT-ENTROPY等所有衍生关键词）的输出已经是去重过后的结果了。后续用更高理论级别优化以后， ...

请问这个该怎么整啊

QJW · 发表于 Post on 2026-3-8 15:33:45

wzkchem5 发表于 2026-3-8 14:53
GOAT（包括GOAT-ENTROPY等所有衍生关键词）的输出已经是去重过后的结果了。后续用更高理论级别优化以后， ...

老师,gaot输出了三个看起来一样的结果

wzkchem5 · 发表于 Post on 2026-3-8 14:53:04

QJW 发表于 2026-3-7 20:26
就是用什么软件去重,辛苦王老师!

GOAT（包括GOAT-ENTROPY等所有衍生关键词）的输出已经是去重过后的结果了。后续用更高理论级别优化以后，需要进一步去重，有若干思路，参见https://www.koushare.com/video/details/192997

QJW · 发表于 Post on 2026-3-7 20:26:41

wzkchem5 发表于 2026-3-7 18:28
什么叫满足标准？

就是用什么软件去重,辛苦王老师!

wzkchem5 · 发表于 Post on 2026-3-7 18:28:42

QJW 发表于 2026-3-6 22:01
老师,请问去重如何做才算满足标准呢?

什么叫满足标准？

QJW · 发表于 Post on 2026-3-6 22:01:00

wzkchem5 发表于 2026-2-3 09:13
原则上可以，但因为GOAT往往是用很低的理论级别跑的，需要用DFT优化每个构象，再在更高级别下算单点能， ...

老师,请问去重如何做才算满足标准呢?

QJW · 发表于 Post on 2026-2-3 15:50:13

wzkchem5 发表于 2026-2-3 09:13
原则上可以，但因为GOAT往往是用很低的理论级别跑的，需要用DFT优化每个构象，再在更高级别下算单点能， ...

老师，那如果进行玻尔兹曼分布计算，是GOAT的DFT计算结果有信服力还是GOAT-ENTROPY的结果有信服力呢？如果实际是DOTA-ENTROPY，有没有在GOAT基础上节省算力得到ENTROPY结果的方法啊？还想请教一下GOAT是直接续算就可以吗？辛苦老师！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2026-2-3 09:13:28

QJW 发表于 2026-2-2 23:47
老师您好，非常非常抱歉之前没看见您的回复，进程结束了，当时算的时间稍微长导致我有点担忧，辛苦老师！ ...

原则上可以，但因为GOAT往往是用很低的理论级别跑的，需要用DFT优化每个构象，再在更高级别下算单点能，结果才可靠。
GOAT-ENTROPY会增加产生的构象数，因为这样写的时候只有构象熵收敛了才算收敛了，只写GOAT就是确保找到最低能量结构就算收敛了。其他的看手册即可，手册都写得明明白白

QJW · 发表于 Post on 2026-2-2 23:47:30

wzkchem5 发表于 2025-7-26 21:28
什么叫没有最终结果？输出文件的最后几十行是什么样的？orca进程结束了吗？

老师您好，非常非常抱歉之前没看见您的回复，进程结束了，当时算的时间稍微长导致我有点担忧，辛苦老师！我还想问这个程序如果只是使用GOAT这个指令所求出的构象可以用于玻尔兹曼分布计算吗？记得当时研究ORCA手册好像这个GOAT功能还能加一些前后缀，会对构象数量产生影响吗，辛苦老师！

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