关于使用ORCA 6.0.0的GOAT模块进行多核计算时只有1个核心在运作的问题

Hitomilpc

各位老师好，
    我最近在学习用ORCA的GOAT模块做一些构象检查的工作，我的ORCA版本是6.0.0，平台是windows，已经安转了MSMPI，并且确认当进行OPT FREQ SP这类常规任务时，并行计算没有问题。但是当我进行GOAT任务时，计算用的核心数只有1 (利用率100%)，其他核心利用率都接近0%，然而我在inp file内的设置数是24。想请教一个各位老师，问题可能出在哪。我的input文件如下：

!GOAT XTB Normalprint

%output
Print[P_Basis] 2
Print[P_MOs] 1
end

%Pal NPROCS 24 end
%MaxCore 4000

*xyz 1 1
...
*

Hitomilpc

各位老师好，我再次运行了一次计算，发现goat中worker计算确实是并行计算的，但是worker计算完后，整个程序像是卡住一样，不更新任何结果，导致我看到任务管理器中只有一个orca程序在运行，对应了一个核心。想请教下各位老师这是什么原因造成的，谢谢

wzkchem5

Hitomilpc 发表于 2025-5-14 14:53
各位老师好，我再次运行了一次计算，发现goat中worker计算确实是并行计算的，但是worker计算完后，整个程序 ...

单核计算消耗的时间，比worker计算所需时间长吗？
worker计算全部完成以后，程序需要一定的汇总结果的时间，汇总结果的代码可能没并行化。
还有一种可能是有一个worker计算明显比其他workers都慢

Hitomilpc

wzkchem5 发表于 2025-5-14 17:01
单核计算消耗的时间，比worker计算所需时间长吗？
worker计算全部完成以后，程序需要一定的汇总结果的时 ...

老师你好，应该是worker第一轮计算后在汇总过程中出了问题。我这边尝试了一下发现是设置的核心数的问题。inp中我没有定义worker的数量，当nprocs大于自动产生的worker数量后会出现这样的问题。当我把nprocs数量调到和worker数量一致后就能顺利计算了。可能goat内部算法上还有一些bug。也非常感谢老师的建议！

wzkchem5

Hitomilpc 发表于 2025-5-15 10:12
老师你好，应该是worker第一轮计算后在汇总过程中出了问题。我这边尝试了一下发现是设置的核心数的问题。 ...

如果是这样的话，应当在orca论坛上报bug

Hitomilpc

wzkchem5 发表于 2025-5-15 11:04
如果是这样的话，应当在orca论坛上报bug

好的，老师，晚点我上下orca论坛报一下bug

895098540wkw

提问，用GOAT和xTB做构象分析的时候，最后的Global minimum结构是在out文件里输出的那个嘛？还是需要在finalensemble.xyz的文件里，对每个结构进行优化后才能确定哪个是global minimum呀？

wzkchem5

895098540wkw 发表于 2025-6-11 20:14
提问，用GOAT和xTB做构象分析的时候，最后的Global minimum结构是在out文件里输出的那个嘛？还是需要在fina ...

有一个单独的文件，*.globalminimum.xyz

895098540wkw

在out文件里是写着全局最小结构写入了这个文件，但是未输出globalminimum.xyz的文件，不懂为什么。老师指的是做后续优化用out输出的这个global minimum的结果，而不是finalessemble.xyz中最小能量的结构吗？但这个global minimum的结构应该就是最后一个stationary point下的结构吧，这个构型的能量和finalessemble.xyz的最小能量一致，但是结构不一致，这是为什么呢？

895098540wkw

wzkchem5 发表于 2025-6-12 10:04
有一个单独的文件，*.globalminimum.xyz

在out文件里是写着全局最小结构写入了这个文件，但是未输出globalminimum.xyz的文件，不懂为什么。老师指的是做后续优化用out输出的这个global minimum的结果，而不是finalessemble.xyz中最小能量的结构吗？但这个global minimum的结构应该就是最后一个stationary point下的结构吧，这个构型的能量和finalessemble.xyz的最小能量一致，但是结构不一致，这是为什么呢？

wzkchem5

895098540wkw 发表于 2025-6-12 15:28
在out文件里是写着全局最小结构写入了这个文件，但是未输出globalminimum.xyz的文件，不懂为什么。老师指 ...

你是直接调用的orca可执行文件，还是用一个脚本调用的？
如果是后者，这个脚本是把输入文件拷到另一个目录下做计算，再把输出文件拷回来吗？会不会是globalminimum.xyz没拷回来？

895098540wkw

wzkchem5 发表于 2025-6-12 15:55
你是直接调用的orca可执行文件，还是用一个脚本调用的？
如果是后者，这个脚本是把输入文件拷到另一个目 ...

是用超算里的脚本调用的吧，输出的文件直接就在我的目录下了，之前给我操作手册的博后说orca计算的临时文件都是分散的，
“If a specific file that ORCA produces is required, one can always extract that folder by updating the sub_orca_(gp/op) code, such that it extracts the folder type of choice by adding another line of :
echo "cp $filename.(desired file type) $input_dir" >> jobfile
Which will then post the file into the folder one is working in.
”

所以我是需要自己去找到这个文件吗？最优的构型就根据globalminimum.xyz的结构为准，再进行后续的DFT结构优化

wzkchem5

895098540wkw 发表于 2025-6-12 16:32
是用超算里的脚本调用的吧，输出的文件直接就在我的目录下了，之前给我操作手册的博后说orca计算的临时文 ...

对，需要分析你们超算的脚本，找到这个文件在哪。
另外，按理说finalensemble的能量最低的结构应该和globalminimum一致，至多只差整体的平移、旋转，以及有效数字位数可能不一样，不应该有更多差别了

895098540wkw

wzkchem5 发表于 2025-6-12 18:22
对，需要分析你们超算的脚本，找到这个文件在哪。
另外，按理说finalensemble的能量最低的结构应该和glo ...

谢谢老师，我找到了globalminimum.xyz文件，确实和finalenssemble.xyz文件的最小能量结构坐标一致的。但一个博后和我说xTB这个半经验方法可能能量是不太准确的，他觉得我最好是用DFT精确优化finalenssemble.xyz的每一个结构（太多的话优化前20个），以确定哪个构型是最优的。老师您怎么建议呀？

wzkchem5

895098540wkw 发表于 2025-6-12 23:10
谢谢老师，我找到了globalminimum.xyz文件，确实和finalenssemble.xyz文件的最小能量结构坐标一致的。但 ...

确实需要这么做。不过与其优化前N个，不如先都算一遍DFT单点能，然后优化能量比最低能量构象高x kcal/mol以内的构象（x最好取到10，如果实在算不动可以考虑取5）。
优化前N个构象的问题在于，随着分子尺寸增大，遗漏DFT级别下能量最低构象的概率增长很快，导致同一个计算里面大分子的能量被系统性高估，不利于误差抵消