packmol搭建结构amber计算出错

kjxwl3

各位大神：
    我用packmol搭建的结构，用amber进行计算时，算了一步就结束了：
       NSTEP       ENERGY          RMS            GMAX         NAME    NUMBER
      1       5.0367E+13     3.9810E+13     3.3098E+15     OH       2969
      BOND    =     1321.1522  ANGLE   =      430.8995  DIHED      =      409.7645
      VDWAALS = *************  EEL     =     2170.6295  HBOND      =        0.0000
      1-4 VDW =       64.7936  1-4 EEL =    -4191.7525  RESTRAINT  =        0.0000
    这与我的结构有关系么，这个是我的packmol的input：
tolerance 2.0
filetype pdb
output am_crown_methol.pdb

structure methol.pdb
number 540
inside box -20. -20. -20. 20. 20. 20.
end structure
structure no3.pdb
resnumbers 3
number 3
inside box -20. -20. -20. 20. 20. 20.
end structure
structure fe_crown.pdb
resnumbers 3
number 1
centerofmass
fixed 0. 0. 0. 0. 0. 0.
end structure
    感觉这个结构搭的也没有问题。

sobereva

kjxwl3 发表于 2017-3-19 10:26
谢谢sob大神，是不是先把盒子设置大一些，这个控压是通过amber做么。

是

kjxwl3

sobereva 发表于 2017-3-18 23:09
填的分子数目少一点，或者盒子大一点，让程序通过控压去把盒子体积调整合适

谢谢sob大神，是不是先把盒子设置大一些，这个控压是通过amber做么。

sobereva

填的分子数目少一点，或者盒子大一点，让程序通过控压去把盒子体积调整合适

kjxwl3

agent99 发表于 2017-3-18 00:33
受力最大的是2969号原子，你用VMD看看那个原子上是不是有不合理的成键

我用packmol在40*40*40的盒子里面，考虑苯的密度，填400个苯，用amber算，会输出******,300个也是如此，直到100个的时候才没有报错。我觉得还是packmol搭结构的问题

kjxwl3

sobereva 发表于 2017-3-18 00:05
仔细检查力场和操作流程。如果搞不清楚原因，先把体系当中几个组分单独做动力学（或者先把fe_crown.pdb ...

应该还是packmol搭建结构的问题，我把每一个直接跑单体的md，都没有什么明显的问题，我的力场是GAFF，电荷都是bcc的，跑单体都没有明显的问题。
我在用packmol的时候，我的脚本是：
tolerance 2.0
filetype pdb
output am_crown_methol.pdb

structure methol.pdb
number 540
inside box -20. -20. -20. 20. 20. 20.
end structure
structure no3.pdb
resnumbers 3
number 3
inside box -20. -20. -20. 20. 20. 20.
end structure
structure crown.pdb
resnumbers 3
number 1
centerofmass
fixed 0. 0. 0. 0. 0. 0.
end structure
structure fe.pdb
resnumbers 3
number 1
centerofmass
fixed 0. 0. 0. 0. 0. 0.
end structure
这个跑出来的结构会出现*******，而我在后面增加三个水，反而却没有报错：
tolerance 2.0
filetype pdb
output am_crown_methol.pdb

structure methol.pdb
number 540
inside box -20. -20. -20. 20. 20. 20.
end structure
structure no3.pdb
resnumbers 3
number 3
inside box -20. -20. -20. 20. 20. 20.
end structure
structure crown.pdb
resnumbers 3
number 1
centerofmass
fixed 0. 0. 0. 0. 0. 0.
end structure
structure fe.pdb
resnumbers 3
number 1
centerofmass
fixed 0. 0. 0. 0. 0. 0.
end structure
structure water.pdb
resnumbers 3
number 3
inside box -20. -20. -20. 20. 20. 20.
end structure
而且不同结构出现的次序还会有影响，如果我在前面加入水，也会报错。
我觉得packmol搭建不可能完全没有问题，我这个体系是40*40*40的盒子，考虑到乙醇的密度，大概有660个乙醇，如果直接按这个密度来的话，packmol搭建的结构用amber跑时总会有这个错误。

kjxwl3

agent99 发表于 2017-3-18 00:33
受力最大的是2969号原子，你用VMD看看那个原子上是不是有不合理的成键

没感觉这个结构由很大问题啊，总感觉packmol做出来的结构并不是按每个原子都相距2埃的容差。

agent99

受力最大的是2969号原子，你用VMD看看那个原子上是不是有不合理的成键

sobereva

kjxwl3 发表于 2017-3-18 00:03
这就是能量极小化的第一步

仔细检查力场和操作流程。如果搞不清楚原因，先把体系当中几个组分单独做动力学（或者先把fe_crown.pdb去掉），来确保力场参数、操作步骤没问题，最后再计算实际的混合体系。

kjxwl3

sobereva 发表于 2017-3-18 00:02
如果没做能量极小化，先做能量极小化
从当前输出的信息看体系中存在过大的受力

这就是能量极小化的第一步

sobereva

如果没做能量极小化，先做能量极小化
从当前输出的信息看体系中存在过大的受力