求助：100ns模拟结束后RMSD 值为 3.51波动大吗？

xuecao

本人小白，想要构建参考文献的结构（图绿色结构）， 这是一个生物聚合物，想用来研究与其他小分子的相互作用。 找了商家构建此结构，感觉商家给的报告RMSD 曲线看着波动挺大的，但是商家说叠合了80,90,100ns的构象，主体结构是很稳定的（图彩色结构），诚心请教下各位大佬， 商家的这个结构可以吗？  

Seyilaxa

xuecao 发表于 2025-5-22 15:15
感谢大佬回复，我打算再次和商家沟通过 让他们调整分子数，修改周期性边界条件，避免有跨越盒子的部分 ， ...

改力场的建议还算合理。但是重跑不解决PBC问题，PBC是在后期用trjconv对轨迹进行修改的时候就可以消除的，不需要重跑

xuecao

Seyilaxa 发表于 2025-5-21 00:29
如果只想说明主体很稳定，可以只计算主体部分的RMSD（前提是这样的计算有意义）
另外看起来PBC还没有消除 ...

感谢大佬回复，我打算再次和商家沟通过 让他们调整分子数，修改周期性边界条件，避免有跨越盒子的部分 ，重新跑一次。  我做的是生物分子聚合物，参考文献采用的分子力场opls-aa，商家建议用gaff2，说是兼容性好点，以便后续做其他分子模拟。 不知道是不是不应该听信商家的去改变力场

Seyilaxa

xuecao 发表于 2025-5-21 10:11
感谢大佬回复， 我的目的想确定构建的这个聚合物结构（实验室手段没有解析出来）是否可行，能否用来做后 ...

RMSD确实不是万能的，但是要说明模拟过程中构象没有太大变化，用肉眼看当然能看出来主体结构叠合的较好，但是这么主观的做法碰到严谨一点的读者恐怕不能被接受，总要找一个能定量的指标来衡量构象变化的程度，RMSD就是好的选择
至于后面PBC对RMSD的影响，我们说的消除PBC指的就是在后处理的时候把目标分子维持在盒子中间，让它不会跨越盒子，这样RMSD才不会有异常的突跃，而不是说在模拟的时候不用PBC

xuecao

sobereva 发表于 2025-5-21 11:01
发言里不要直接出现商家名，我已替换为***

好的 谢谢

sobereva

xuecao 发表于 2025-5-21 10:18
感谢大佬回复，我找的商家是***，找他们做了两个结构，上篇帖子也是对另外一个结构的疑惑， 现在商家已经 ...

发言里不要直接出现商家名，我已替换为***

xuecao

爱喝茶 发表于 2025-5-21 09:43
同意楼上，RMSD在40 ns后周期性跳跃，怀疑PBC没消，感觉做的人像是外行呢。
而且要求高一点的话，100 ns是 ...

感谢大佬回复，我找这个商家做了两个结构，上篇帖子也是对另外1个结构的疑惑，  商家回复说“分子数多了之后，周期性边界条件无论怎么调整都会有这种情况。如果想要一个更平滑的RMSD，我可以处理一个，但是对应的构象就会有问题 （如图）  ，不同的周期性边界处理方式得到的RMSD是不同的。之前的处理方式看起来RMSD波动较大，所以工程师换了个处理方法。不是消除了PBC，而是根据一定的规则处理成不同的显示效果了” “模拟的时候是有PBC的，模拟结束后要根据需求处理不同的pbc显示效果”

诚心请教 我应该让商家怎么做呢， 望回复，感激不尽

xuecao

Seyilaxa 发表于 2025-5-21 00:29
如果只想说明主体很稳定，可以只计算主体部分的RMSD（前提是这样的计算有意义）
另外看起来PBC还没有消除 ...

感谢大佬回复， 我的目的想确定构建的这个聚合物结构（实验室手段没有解析出来）是否可行，能否用来做后续相互作用研究， 我看着RMSD值 波动也挺大的，商家回复说：RMSD并不是决定体系稳定性的指标，核心要看构象，工程师这里叠合了80,90,100ns的构象，说主体结构是很稳定 ，我不确定他们是不是在忽悠我

爱喝茶

同意楼上，RMSD在40 ns后周期性跳跃，怀疑PBC没消，感觉做的人像是外行呢。
而且要求高一点的话，100 ns是否太短了

Seyilaxa

如果只想说明主体很稳定，可以只计算主体部分的RMSD（前提是这样的计算有意义）
另外看起来PBC还没有消除，有一些跨越盒子的部分，RMSD上也有不正常的突跃