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[配置讨论] 医学领域做生信计算模拟(主要是分子动力学模拟),该租还是买主机?

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本帖最后由 AxiEJohn 于 2025-5-30 12:51 编辑

刚进组,发现组内有一个配置不高的主机 (好像没我魔改的天选四厉害),笔者指出最好买个高性能的显卡(4090/5090)后老师发出如下考虑“这个东西是不是会更新迭代,老师意思如果很快就有新的,我们就花小钱,如果这个东西很久五到十年才有新的产品,我们就买”,各位论坛老师有啥看法?我觉得老黄这刀法,拿5090来说的话,5-10年后应该性能差不多旗舰的30%?(瞎猜)笔者在这方面不太了解,请各位老师指点。
改正错误有两个途径,一是别人发现,听取别人的批评;二是自我发现,进行自我批评。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-10 11:54:01 | 只看该作者 Only view this author
Graphite 发表于 2025-6-9 21:33
5年前是3080/3090,至今也能用,刚好大概50% 4090的水平,Gromacs性能如果能拉满也能一天1500-2000万原子* ...

谢谢回复!您说得很有道理,租卡费用也很符合实际(本人实际经历租4090一个月需要1500)。想了一下我们还是小课题组,强度也没那么大,故而还是选择租卡跑(等老师经费多了必须游说一下买个5090,天下武功唯快不破)。
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石墨

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发表于 Post on 2025-6-9 21:33:18 | 只看该作者 Only view this author
5年前是3080/3090,至今也能用,刚好大概50% 4090的水平,Gromacs性能如果能拉满也能一天1500-2000万原子*纳秒(如蛋白质100万原子15-20纳秒,2 fs步长,1 nm cutoff, update gpu, bonded gpu)。4090是3000-4000万原子*纳秒。
关于老黄的刀法这个事儿,半导体性能增长曲线(摩尔规律)符合的还好,你说的“5-10年后应该性能差不多旗舰的30%”,感觉还是差不多的。
技术账就算到这里。经济账就是楼上说的用多少,也是能根据平均使用率算每年使用成本。比如现在5090租卡连续租的话大概是3000+一个月,4090大概是1000+一个月。
据我观察,纯旱的旱死,涝的涝死。有的组破铜烂铁天天满负载跑,有的组抱着神机一年可能就一俩月满负载(快中期、预答辩、结题、关键时间点之类的)。不过如果组里有钱、要消耗经费,哪怕你天天摸鱼,抱着神机最起码有一种奇妙的松弛感...
自在飞花轻似梦,无边丝雨细如愁。

全自动反应动力学(ReaxFF、AIMD、NEP等)后处理工具网页版:http://cc-portal.xyz/reax_tools

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-30 18:23:19 | 只看该作者 Only view this author
tonganlhy 发表于 2025-5-30 13:21
看你们做得多还是少?
做得少可以租,做得多还是自己整一个。怕更新快可以先整4090或者4090D,之后再整一 ...

明白了。您回答中提到的使用频次确实是很重要的参考点,谢谢您的建议
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发表于 Post on 2025-5-30 13:21:04 | 只看该作者 Only view this author
看你们做得多还是少?
做得少可以租,做得多还是自己整一个。怕更新快可以先整4090或者4090D,之后再整一张成双卡。如果预算不够,5080也可以。
上4090D或者4090的问题是你这cpu太弱,发挥不出显卡的全部性能。

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